Number of found documents: 252
Published from to

Gene expression in colorectal carcinoma determined by cDNA microarrays using a combination of several evaluation approaches
Jansová, E.; Krontorád, P.; Svoboda, Z.; Koutná, I.; Pavlík, T.; Kozubek, Michal; Jarošová, M.; Žaloudík, J.; Kozubek, Stanislav
2004 - English
Tato práce je zaměřená na porovnání genové exprese kolorektálního karcinomu a zdravé epiteliální tkáně tlustého střeva pomocí Human 1.7K cDNA mikročipů a identifikace genů se změněnou expresí v nádorové tkáni. Tato studie byla provedena na 12 pacientech s nádorem tlustého střeva. Pro zajištění důvěryhodnosti dat byla analýza cDNA microarray provedena kombinací několika programů pro analýzu obrazu a statistických metod. Výsledkem této analýzy byla identifikace 22 genů se změněnou expresí v nádorové tkáni oproti zdravému epitelu. Pomocí hierarchického klastrování byla provedena klasifikace pacientů s kolorektálním karcinomem podle výskytu metastáz v lymfatických uzlinách a bylo detekováno 6 genů, které by mohly sloužit jako potenciální metastatické markery. We have compared colorectal carcinoma tissues with parallel samples of epithelial tissue and identified, by means of Human 1.7K cDNA microarrays, a set of genes with significantly altered expression in 12 patients. We used a combination of several approaches of microarray data analysis to be sure that the results were reliable. Although we have found differences between the results obtained by various image analysis software packages and using different statistical tools, we have identified the group of 22 genes with significantly altered expression in colorectal carcinoma tissue as compared with epithelial tissue using all evaluation approaches. Hierarchical clustering showed the possibility of dividing the patients into two groups according to the presence of metastases in regional lymph nodes. We have proposed 6 genes as potential markers for the detection of the presence of regional metastases in patients. Keywords: gene expression; colorectal carcinoma; cDNA microarrays; genová exprese Available at various institutes of the ASCR
Gene expression in colorectal carcinoma determined by cDNA microarrays using a combination of several evaluation approaches

Tato práce je zaměřená na porovnání genové exprese kolorektálního karcinomu a zdravé epiteliální tkáně tlustého střeva pomocí Human 1.7K cDNA mikročipů a identifikace genů se změněnou expresí v ...

Jansová, E.; Krontorád, P.; Svoboda, Z.; Koutná, I.; Pavlík, T.; Kozubek, Michal; Jarošová, M.; Žaloudík, J.; Kozubek, Stanislav
Biofyzikální ústav, 2004

Methylation of histone H3K9 in human blood cells and in granulocytes of patients with myeloid leukemia
Lukášová, Emilie; Falk, Martin; Kořistek, Z.; Kozubek, Stanislav; Grigoryev, S.; Kozubek, Michal; Ondřej, Vladan; Kroupová, I.
2004 - English
v Antigenní markery heterochromatinických proteinů, které jsou běžně přítomny v jádrech lidských progenitorových buněk CD34+, diferencovaných lymfocytů a monocytů, nejsou přítomny v jádrech neutrofilních a ve značném rozsahu rovněž eosinofilních granulocytů. V granulocytech pacientů s akutní CML a AML byly detekovány všechny isoformy HP1 a silná metylace histonu H3K9. V chronických formách CML nebyla nalezená žádná silná korelace mezi hladinou metylace histonu H3, progresí choroby a způsobem léčby. Naprogramování leukemických buněk HL-60 na terminální diferenciaci pomocí retinové kyseliny nemělo za následek eliminaci metylace histonu H3 a absenci isoforem HP1 proteinu v diferencovaných granulocytech. Naše výsledky jsou první, které ukazují, že metylace histonu H3K9 může být dramaticky změněna v průběhu normální buněčné diferenciace. Common heterochromatin antigenic protein markers while present in human blood progenitor CD34+ cells, differentiated lymphocytes and monocytes are absent in neutrophile granulocytes and, to large extent, in eosinophiles. In acute CML and AML, strong methylation of H3K9 and all isoformes of HP1 are detected. In chronic forms of CML, no strong correlations among the level of histone methylation, disease progression and modality of treatment were observed. Reprogramming of leukemia HL60 cells to terminal differentiation by retinoic acid does not eliminate histone H3K9 methylation and the presence of HP1 isoformes from differentiated granulocytes. Our study shows for the firs time that histone H3 methylation may be dramatically changed during normal cell differentiation. Keywords: human granulocytes; chromatin condensation; retinoic acid; krevní buňky; buňky Available at various institutes of the ASCR
Methylation of histone H3K9 in human blood cells and in granulocytes of patients with myeloid leukemia

v Antigenní markery heterochromatinických proteinů, které jsou běžně přítomny v jádrech lidských progenitorových buněk CD34+, diferencovaných lymfocytů a monocytů, nejsou přítomny v jádrech ...

Lukášová, Emilie; Falk, Martin; Kořistek, Z.; Kozubek, Stanislav; Grigoryev, S.; Kozubek, Michal; Ondřej, Vladan; Kroupová, I.
Biofyzikální ústav, 2004

From Jenalumar to ultrafast microscopy of living cells
Kozubek, Stanislav; Kozubek, Michal
2004 - English
Tento příspěvek popisuje rozvoj mikroskopických systémů v Biofyzikálním ústavu AV ČR počínaje jednoduchým fluorescenčním mikroskopem až po ultra-rychlé zobrazování živých buněk. This contribution describes the development of microscopy systems in the Institute of Biophysics, AS CR starting from simple fluorescence microscopes to ultra-fast imaging of living cells. Keywords: confocal microscopy; living cells; fast imaging technology; biofyzika; buňky Available at various institutes of the ASCR
From Jenalumar to ultrafast microscopy of living cells

Tento příspěvek popisuje rozvoj mikroskopických systémů v Biofyzikálním ústavu AV ČR počínaje jednoduchým fluorescenčním mikroskopem až po ultra-rychlé zobrazování živých buněk....

Kozubek, Stanislav; Kozubek, Michal
Biofyzikální ústav, 2004

Cytological study of DNA methylation and histone methylation patterns in human cell lines
Skalníková, M.; Bártová, Eva; Kozubek, Stanislav; Kozubek, Michal
2004 - English
Epigenetické procesy jsou definovány jako dědičné změny ve funkcích genomu, které nastávají bez změny v primární sekvenci DNA. Genová exprese, chromozomová segregace, DNA replikace, reparace a další rekombinantní děje neprobíhají pouze na samotné molekule DNA, ale také na chromatinovém templátu. DNA metylace společně s metylací histonů na lysinových zbytcích představují rámcový vztah pro dlouhodobé epigenetické udržovací mechanismy regulace genové exprese.Objevy, že enzymy mohou reorganizovat chromatin do tzv. „otevřené“ a „neotevřené“ konfigurace odhalují více epigenetické mechanismy, které podstatně rozšiřují informaci potencionálního histonového kódu. U živočichů je heterochromatin charakterizován metylací CpG ostrůvků na molekule DNA a metylací lysinu 9 na histonu H3 (H3-K9), zatímco euchromatin je spojován s metylací lysinu 4 na histonu H3 (H3-K4). Epigenetic processes are defined as heritable changes in genome function that occur without a change in DNA sequence. Gene expression, chromosome segregation, DNA replication, repair, and recombination all act, not on DNA alone, but on the chromatin template. DNA methylation, along with histone lysine methylation, establishes the framework for long-term epigenetic maintenance. The discovery that enzymes can (re)organise chromatin into accessible and inaccessible configurations revealed epigenetic mechanisms that considerably extend the information potential of the genetic code. In mammals, heterochromatin is characterised by DNA methylation at CpG dinucleotides and methylation at lysine 9 of histone 3 (H3-K9), whereas euchromatin is associated with methylation at lysine 4 of histone 3 (H3-K4). Keywords: DNA methylation patterns; human cell lines; histone methylation patterns; DNA; genová exprese Available at various institutes of the ASCR
Cytological study of DNA methylation and histone methylation patterns in human cell lines

Epigenetické procesy jsou definovány jako dědičné změny ve funkcích genomu, které nastávají bez změny v primární sekvenci DNA. Genová exprese, chromozomová segregace, DNA replikace, reparace a další ...

Skalníková, M.; Bártová, Eva; Kozubek, Stanislav; Kozubek, Michal
Biofyzikální ústav, 2004

Clustering of genes with similar regulation patterns during monocyte and granulocyte differentiation of HL-60 cells
Koutná, I.; Faltýsková, E.; Krontorád, P.; Svoboda, Z.; Pavlík, T.; Bártová, Eva; Kozubek, Michal; Kozubek, Stanislav
2004 - English
V předkládané studii byly pomocí vysokokapacitních cDNA čipu obsahujících 19,000 sekvencí, provedeny studie expresních profilů promyelotických leukemických buněk HL-60 diferencujících do monocytů (MD) a granulocytů (GD). Jako diferenciační činidlo pro monocytární diferenciaci bylo použito TPA (12-O-tetradecanoylphorbol-D-acetate) a pro granulocytární proces DMSO. Studiem expresních profilů bylo zjištěno že v průběhu MD signifikantně měnilo expresi 4625 genů a v průběhu GD 4760 genů. Geny obou diferenciací byly rozděleny do podle typu kinetiky s jakou se účastní diferenciace do tzv. R-skupin. Bylo zjištěno, že geny z jednotlivých R-skupin nejsou nenáhodně rozprostřeny na chromosomových teritorií, ale formují na chromosomech klastry. Skupiny genu s podobnou kinetikou regulace tedy můžeme najít na chromosomech blízko sebe. In the present study, a high density-microarrays of human cDNA containing 19,000 genetic elements were used to search for differences in gene expression of human promyelic leukaemia cell line HL-60 during monocyte (MD) and granulocyte differentiation (GD). For differentiation to monocytes (granulocytes), the TPA, 12-O-tetradecanoylphorbol-D-acetate (DMSO) were used, respectively. A total number of 4625 (4760) genes were found to be regulated during MD (GD). The genes have been divided into groups according to their kinetics of regulation (R-groups). The genes of the same group are not distributed randomly throughout the genome but form clusters on chromosomes (R-clusters). Thus, functionally interconnected genes are frequently localized near to each other on the DNA molecule. Keywords: gene expression; leukaemia cell line HL60; cDNA; genová exprese Available at various institutes of the ASCR
Clustering of genes with similar regulation patterns during monocyte and granulocyte differentiation of HL-60 cells

V předkládané studii byly pomocí vysokokapacitních cDNA čipu obsahujících 19,000 sekvencí, provedeny studie expresních profilů promyelotických leukemických buněk HL-60 diferencujících do monocytů ...

Koutná, I.; Faltýsková, E.; Krontorád, P.; Svoboda, Z.; Pavlík, T.; Bártová, Eva; Kozubek, Michal; Kozubek, Stanislav
Biofyzikální ústav, 2004

Image analysis of the movement of sub-cellular structures
Matula, Pe.; Ondřej, Vladan; Kozubek, Stanislav
2004 - English
Analýza časových sérií obrázů živých buněk vyžaduje automatizaci. Tento příspěvek popisuje hlavní rysy softwarového balíku, který byl k tomuto účelu vytvořen v naší laboratoři. Prezentuje několik vylepšení námi nedávno publikované metody pro sledování pobybu buněčných struktur. Chování metody je vyhodnoceno na obrázcích heterochromatinových oblastí definovaných HP1beta-GFP fúzním proteinem. Výsledky ukazují, že pro tento typ dat je navržená metoda velmi vhodná. Analysis of time-lapse series of images of living cells requires automation. This contribution concerns the main features of the software package developed for this purpose in our laboratory. Some improvements of our recently published method for tracking of sub-cellular structures based on graph theory are presented. The behaviour of the method is evaluated on images of centromeric heterochromatin defined by HPlbeta-GFP fusion protein. The results show that the method is very well applicable for this type of data. Keywords: sub-cellular structures; image analysis; graph theory; teorie grafů Available at various institutes of the ASCR
Image analysis of the movement of sub-cellular structures

Analýza časových sérií obrázů živých buněk vyžaduje automatizaci. Tento příspěvek popisuje hlavní rysy softwarového balíku, který byl k tomuto účelu vytvořen v naší laboratoři. Prezentuje několik ...

Matula, Pe.; Ondřej, Vladan; Kozubek, Stanislav
Biofyzikální ústav, 2004

Proč je biologie telomer, ač módní, přesto užitečná?
Fajkus, Jiří; Skleničková, Marie; Koppová, K.; Kunická, Z.
2003 - Czech
Přednáška shrnuje problematiku aplikací biologie telomer v současné onkologické diagnostice a terapii a presentuje současné výsledky a metodické pokroky dosažené na tomto poli. The lecture summarises the background of applications of the telomere biology in oncology diagnostics and therapy and presents recent results and technical advances in this field. Keywords: telomere; telomerase; malignant cell Available at various institutes of the ASCR
Proč je biologie telomer, ač módní, přesto užitečná?

Přednáška shrnuje problematiku aplikací biologie telomer v současné onkologické diagnostice a terapii a presentuje současné výsledky a metodické pokroky dosažené na tomto poli....

Fajkus, Jiří; Skleničková, Marie; Koppová, K.; Kunická, Z.
Biofyzikální ústav, 2003

Inhibition of gap junctional intercellular communication by polychlorinated biphenyls: inhibitory potencies and screening for potential mode(s) of action
Bláha, L.; Vondráček, Jan; Upham, B. L.; Machala, M.
2002 - English
The aims of the present study were to determine potencies of a series of environmentally relevant PCB congeners to inhibit GJIC invitro, and to screen for intrcellular signaling pathways potentially involved in GJIC downregulation by PCBs. It was found that a number of nonplanar PCB congeners are efficient inhibitors of GJIC in vitro, and that a model compound, PCB153, does not act via activation of PKC or ERK1/2, which is contrast with the effects of protoypical inhibitors of GJIC, such as TPA or EGF. Keywords: PCBs; GJIC inhibition; tumor promotion Available at various institutes of the ASCR
Inhibition of gap junctional intercellular communication by polychlorinated biphenyls: inhibitory potencies and screening for potential mode(s) of action

The aims of the present study were to determine potencies of a series of environmentally relevant PCB congeners to inhibit GJIC invitro, and to screen for intrcellular signaling pathways potentially ...

Bláha, L.; Vondráček, Jan; Upham, B. L.; Machala, M.
Biofyzikální ústav, 2002

Elektrochemické biosenzory pro látky poškozující DNA. Možnosti detekce polutantů
Fojta, Miroslav; Havran, Luděk; Kuchaříková, Kateřina; Paleček, Emil
2002 - Czech
Elektrochemické metody poskytují informace o poškození DNA a jejích interakcích s různými látkami, včetně karcinogenů a léčiv. Pomocí elektrochemických DNA biosenzorů lze tyto látky detekovat v životním protředí, v biologických vzorcích apod. Electrochemical methods provide information about DNA damage and its interactions with various substances, including carcinogens or drugs. Using electrochemical DNA biosensors, it is possible to detect these substances in the environment, in biological samples, etc. Keywords: DNA damage; pollutants; biosensors; biosenzory Available at various institutes of the ASCR
Elektrochemické biosenzory pro látky poškozující DNA. Možnosti detekce polutantů

Elektrochemické metody poskytují informace o poškození DNA a jejích interakcích s různými látkami, včetně karcinogenů a léčiv. Pomocí elektrochemických DNA biosenzorů lze tyto látky detekovat v ...

Fojta, Miroslav; Havran, Luděk; Kuchaříková, Kateřina; Paleček, Emil
Biofyzikální ústav, 2002

Genetic and epigenetic acpects of sex determination
Janoušek, Bohuslav; Hodurková, Jaromíra; Žlůvová, Jitka; Lengerová, Martina; Hobza, Roman; Nix, Tomáš; Vyskot, Boris
2002 - English
The article concentrates on the latest knowledge concerning the role of epigenetic mechanisms in sex determination in model dioecious species Silene latifolia. Results suggest that the locus suppressing development of female organs in male plants is hypersensitive to the action of agents influencing level of DNA methylation (5-azacytidine) and histone acetylation (trichostatin A). According to the results obtained via inter-specific hybridisation and the ability of the smut Ustilago violacea to activate development of male organs in female plants, it can be deduced that there is a locus suppressing male organ development in standard female plants. Function of this locus is not influenced by the drugs mentioned above. Keywords: Silene latifolia; Ustilago violacea; sex determination Available at various institutes of the ASCR
Genetic and epigenetic acpects of sex determination

The article concentrates on the latest knowledge concerning the role of epigenetic mechanisms in sex determination in model dioecious species Silene latifolia. Results suggest that the locus ...

Janoušek, Bohuslav; Hodurková, Jaromíra; Žlůvová, Jitka; Lengerová, Martina; Hobza, Roman; Nix, Tomáš; Vyskot, Boris
Biofyzikální ústav, 2002

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases