Number of found documents: 75
Published from to

Elastic registration of biomedical images on CUDA-Supported graphics procesor units
Michálek, Jan; Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie
2010 - English
Elastic registration is a task of finding the matching of two images, using geometric and elastic transformations, so that objects in images have the same size, position and orientation. We apply elastic registration in the framework of volume reconstruction, where an object acquired from parallel physical sections is composed and mutual positions of the sections including deformations caused by their cutting have to be found. The method lies in optimizing a functional consisting of two parts: first, discrete total variation as a measure of roughness and, second, L1 norm as a measure of dissimilarity of images. As a parallelizable optimization strategy we apply a potential-based equivalent transformation of a (max,+)-labelling problem. CUDA-based implementation of the described elastic registration algorithm is reasonably fast, requires seconds to minutes of calculations, provides good results and, thus, can be used for practical tasks dealing with alignment of biomedical images Keywords: volume reconstruction; elastic alignment; CUDA; představy; registrace Available at various institutes of the ASCR
Elastic registration of biomedical images on CUDA-Supported graphics procesor units

Elastic registration is a task of finding the matching of two images, using geometric and elastic transformations, so that objects in images have the same size, position and orientation. We apply ...

Michálek, Jan; Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie
Fyziologický ústav, 2010

Vliv genotypu a lokality na růst a vývoj kořenového systému řepky ozimé
Bláha, L.; Vyvadilová, M.; Janáček, Jiří
2009 - Czech
Z dosud získaných výsledků vyplývá, že kromě lokality má na růst a vývoj kořenové soustavy vliv také odolnost odrůd vůči abiotickým stresorům v době klíčení.Genotypy, které jsou klasifikované jako odolnější vůči stresorům již při klíčení za nepříznivých podmínek ( nedostatek vody, sucho, vysoká teplota), mají i kvalitnější kořenový systém po vysetí a během následujícího vegetačního období na testovaných lokalitách The basic aim of presented work was analysis of root development of different oilseed rape cultivars at two localities. Obtained results show large influence of localities on the root development. The genotypes with good germination under unfavourable conditions (lack of water, drought, high temperature) develop stronger root system i.e. volume and length of the roots after sowing and during following vegetation period at studying localities Keywords: winter oilseed rape; root system; stress tolerance; řepka; vývoj Available at various institutes of the ASCR
Vliv genotypu a lokality na růst a vývoj kořenového systému řepky ozimé

Z dosud získaných výsledků vyplývá, že kromě lokality má na růst a vývoj kořenové soustavy vliv také odolnost odrůd vůči abiotickým stresorům v době klíčení.Genotypy, které jsou klasifikované jako ...

Bláha, L.; Vyvadilová, M.; Janáček, Jiří
Fyziologický ústav, 2009

Řešení problémů analýzy obrazu pomocí minima totální variance
Janáček, Jiří
2009 - Czech
Práce je věnována řešení úloh analýzy obrazu minimalizací funkce složené z totální variace obrazu a Lp ztrátové funkce. Minimalizaci lze provést iterační metodou největšího spádu s výpočtem kroku založeným na nalezení minimálního řezu v grafu obrazových prvkù. Jako příklad je uvedena regularizace zašuměného obrazu a registrace mikroskopických obrazů fyzických řezů A solution of various problems in image analysis using concurrent minimization of total variation and Lp loss function is presented. The minimization is achieved by a steepest descend method using graph cut minimization in each step. Regularization of noisy image and registration of microscopic images of physical sections are demonstrated Keywords: total variation; minimal graph cut; výpočetní metody ve fyzice; zpracování obrazů Available at various institutes of the ASCR
Řešení problémů analýzy obrazu pomocí minima totální variance

Práce je věnována řešení úloh analýzy obrazu minimalizací funkce složené z totální variace obrazu a Lp ztrátové funkce. Minimalizaci lze provést iterační metodou největšího spádu s výpočtem kroku ...

Janáček, Jiří
Fyziologický ústav, 2009

Multi-photon excitation microscopy
Chernyavskiy, Oleksandr; Kubínová, Lucie
2008 - English
Multifotonová excitační mikroskopie se z exotické techniky postupně stává stále více používaným nástrojem díky pokroku v laserové technice. Tato slibná i když náročná technika poskytuje výhody, jako je průnik do větší hloubky, nižší fotopoškození, jež jsou zvláště užitečné při dlouhodobém zobrazování buněk Multiphoton excitation microscopy (MPM), being some time ago rather exotic than an easy-to-handle tool, becomes now more widely used due to advances in laser technique. This promising, yet expensive technique provides such advantages, as deeper penetration depth, lower photodamage, especially important in live cells imaging for extended periods of time Keywords: two-photon excitation; multiphoton excitation; second-harmonic generation; mikroskopie; technika Available at various institutes of the ASCR
Multi-photon excitation microscopy

Multifotonová excitační mikroskopie se z exotické techniky postupně stává stále více používaným nástrojem díky pokroku v laserové technice. Tato slibná i když náročná technika poskytuje výhody, jako ...

Chernyavskiy, Oleksandr; Kubínová, Lucie
Fyziologický ústav, 2008

Effects of dietary polyunsaturated fatty acids on myocardial and serum lipids in normoxic and chronically hypoxic rat heart
Balková, P.; Ježková, J.; Hlaváčková, M.; Neckář, Jan; Staňková, B.; Kolář, František; Novák, F.; Nováková, O.
2008 - English
Cílem práce bylo sledovat změny srdečních a sérových lipidů potkana po dlouhodobé dietě obohacené o n-3 a n-6 polynenasycené mastné kyseliny (PUFA) a adaptaci na chronickou intermitentní hypoxii (CIH). Studie ukázala, že jak dieta obohacená o PUFA tak CIH zásadně modifikují složení mastných kyselin v sledovaných lipidech a mohou souviset s potenciálními kardioprotektivními účinky obou intervencí The goal of this study was to fellow up the effect of n-3 and n-6 polyunsaturated fatty acids (PUFA) and the adaptation to chronic intermittent hypoxic (CIH) on fatty acid (FA) composition of serum and heart lipids in rats. The results of this study showed that PUFA diets and CIH distinctly modified FA profile in serum and heart lipids; both interventions considered to be cardioprotective Keywords: heart; chronic hypoxia; lipid diet; srdce Available at various institutes of the ASCR
Effects of dietary polyunsaturated fatty acids on myocardial and serum lipids in normoxic and chronically hypoxic rat heart

Cílem práce bylo sledovat změny srdečních a sérových lipidů potkana po dlouhodobé dietě obohacené o n-3 a n-6 polynenasycené mastné kyseliny (PUFA) a adaptaci na chronickou intermitentní hypoxii ...

Balková, P.; Ježková, J.; Hlaváčková, M.; Neckář, Jan; Staňková, B.; Kolář, František; Novák, F.; Nováková, O.
Fyziologický ústav, 2008

Quantification of Osteocyte Lacunar Density and Anisotropy of Vascular Canals in Compact Bone
Maštálková, K.; Tonar, Z.; Fiala, P.; Janáček, Jiří
2008 - English
Numerická hustota osteocytů v dřeni a kůře střední části lidské holenní kosti byla odhadnuta z tlustých řezů metodou disektoru. Anizotropie v rozmístění osteocytů byla prokázána metodou založenou na Deloneho triangulaci Numerical density of osteocyte lacunes in cortex and medula of diaphysis of tibia was estimated using thick sections and disector method. Anisotropy in lacunes localization was proved by a method based on Delaunay triangulation Keywords: osteocyte; disector; hustota; kosti Available at various institutes of the ASCR
Quantification of Osteocyte Lacunar Density and Anisotropy of Vascular Canals in Compact Bone

Numerická hustota osteocytů v dřeni a kůře střední části lidské holenní kosti byla odhadnuta z tlustých řezů metodou disektoru. Anizotropie v rozmístění osteocytů byla prokázána metodou založenou na ...

Maštálková, K.; Tonar, Z.; Fiala, P.; Janáček, Jiří
Fyziologický ústav, 2008

Srdeční frekvence a protekce myokardu – experimentální aspekty
Ošťádal, Bohuslav
2008 - Czech
Snížení srdeční frekvence má protektivní efekt; bradykardie zvyšuje koronární průtok Low heart rate is maybe cardioprotective; bradycardia increases myocardial blood flow Keywords: heart rate; ischemia; protection; ochrana Available at various institutes of the ASCR
Srdeční frekvence a protekce myokardu – experimentální aspekty

Snížení srdeční frekvence má protektivní efekt; bradykardie zvyšuje koronární průtok


Low heart rate is maybe cardioprotective; bradycardia increases myocardial blood flow

Ošťádal, Bohuslav
Fyziologický ústav, 2008

Studium kognitivních schopností zvířat a úlohy vyhýbání se místu
Stuchlík, Aleš; Petrásek, Tomáš; Rambousek, Lukáš; Valeš, Karel
2008 - Czech
Článek pojednává o základních metodách studia kognitivních schopností zvířat. Rovněž shrnuje dosavadní přínosy úloh vyhýbání se místu u laboratorních potkanů The paper describes basic methods and concepts in the studies of animal cognitive functions. It also summarizes recent assets and findings obtained with place avoidance tasks Keywords: memory; cognition; place avoidance; paměť; poznání Available at various institutes of the ASCR
Studium kognitivních schopností zvířat a úlohy vyhýbání se místu

Článek pojednává o základních metodách studia kognitivních schopností zvířat. Rovněž shrnuje dosavadní přínosy úloh vyhýbání se místu u laboratorních potkanů...

Stuchlík, Aleš; Petrásek, Tomáš; Rambousek, Lukáš; Valeš, Karel
Fyziologický ústav, 2008

Error Assesment of Volume Reconstruction of Biological Specimen from Confocal Microscopy Images
Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
2008 - English
Objemovou rekonstrukci využíváme pro vizualizaci biologických preparátů, které jsou větší, než je velikost zorného pole a/nebo silnější v tloušťce než je hloubka průniku laserového paprsku konfokálního mikroskopu. Tlusté preparáty je nutno nakrájet na fyzické řezy mikrotomem, avšak krájení způsobuje deformaci a ztrátu části informace prořezem, které vedou k chybám následné objemové rekonstrukce. Pro získání informace o deformaci jsme USB mikroskopem Dino-Lite zaznamenali řezné plochy preparátu zalitého v parafinu před jeho nakrájením, tj. bez deformací. Po nasnímání fyzických řezů vyhodnocujeme chybu deformace pomocí Prokrustovy vzdálenosti, která kvantifikuje střední kvadratickou vzdálenost tvarů vyjádřených pomocí bodů We performed both volume reconstructions using images captured by the USB microscope and images captured by the confocal microscope. We manually marked important corresponding structures in both reconstructed data sets, and computed distances between corresponding structures, assuming that structures in the reconstruction from USB microscope data are without deformations. According to our expectations, the main errors of high-resolution volume reconstruction (from confocal data) are in the direction of physical cutting (vary in units of millimeters) and in the direction perpendicular to cutting due to off-cut (vary in tenths of millimeters) Keywords: error assessment; volume reconstruction; rekonstrukce; objem Available at various institutes of the ASCR
Error Assesment of Volume Reconstruction of Biological Specimen from Confocal Microscopy Images

Objemovou rekonstrukci využíváme pro vizualizaci biologických preparátů, které jsou větší, než je velikost zorného pole a/nebo silnější v tloušťce než je hloubka průniku laserového paprsku ...

Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
Fyziologický ústav, 2008

Tools for visualization of large three-dimensional objects in biology
Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
2007 - English
3D obrazy biologických objektů nebo struktur jsou získávány pomocí moderních zobrazovacích zařízení jako je například konfokální laserový rastrovací mikroskop pro jejich ohodnocení, analýzu nebo měření. Reportujeme o možnostech vizualizace 3D skalárních obrazů pomocí našeho programového prostředí Rapid3D určeného pro objemovou rekonstrukci a vizualizaci biomedicínských obrazů nebo pomocí modulárního softwaru Ellipse určeného pro zpracování biologických obrazů Three-dimensional images of biological objects or structures recorded by modern acquisition tools like a confocal laser scanning microscope are visualized for their evaluation, analysis and measurement. We report about possibilities for three-dimensional visualization which are offered by either our Rapid3D software package suited for three-dimensional reconstruction and visualization of bio-medical images or Ellipse modular software package devoted to biological image processing (ViDiTo company, Slovakia) Keywords: 3D visualization; confocal microscopy; 3d; zpracování obrazů Available at various institutes of the ASCR
Tools for visualization of large three-dimensional objects in biology

3D obrazy biologických objektů nebo struktur jsou získávány pomocí moderních zobrazovacích zařízení jako je například konfokální laserový rastrovací mikroskop pro jejich ohodnocení, analýzu nebo ...

Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
Fyziologický ústav, 2007

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases