Number of found documents: 75
Published from to

LP-12 Approaches to visualization of 3D structures captured by a confocal microscope
Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Hána, K.; Smrčka, P.
2007 - English
Článek popisuje přístupy k objemové rekonstrukci a vizualizaci 3D biologických struktur nasnímaných konfokálním mikroskopem Laser scanning confocal microscopes are capable to focus a laser beam into a layer of an investigated biological specimen, and by the gradual scanning of this layer they acquire an optical section. By consecutive scanning of all preset layers of the specimen we obtain a stack of optical sections, i.e. a 3D digital representation of the specimen. In the presented study we focus on volume reconstruction of large biological tissues, i.e. tissues greater than field of view and/or thicker than maximal depth of scanning of a confocal microscope. As a result of volume reconstruction we obtain a high resolution 3D image of the biological specimen. 3D visualization is offered either by our Rapid3D software package suited for three-dimensional reconstruction and visualization of biomedical images, or Ellipse modular software package devoted to biological image processing (created by ViDiTo company, Slovakia) Keywords: confocal microscopy; volume visualization; 3d; vizualizace Available at various institutes of the ASCR
LP-12 Approaches to visualization of 3D structures captured by a confocal microscope

Článek popisuje přístupy k objemové rekonstrukci a vizualizaci 3D biologických struktur nasnímaných konfokálním mikroskopem...

Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Hána, K.; Smrčka, P.
Fyziologický ústav, 2007

Individuální psychologická a historická přítomnost – v čase a pronásledování i odveta Židů v době druhé světové války
Radil, Tomáš
2007 - Czech
Nově definovaný psychologický jev „Individuální psychologické a historické přítomnosti v čase“ je odvozen z poznatků o mozkovém časování. Přispívá k vysvětlení trvání paměťových stop týkajících se historických katastrof The newly defined psychological phenomenon of „Individual Psychological Presence in Time“ is derived from knowledge concerning brain timing. It contributes to the explanation of duration of memory traces of historical catastrophes Keywords: psychological presence; historical timing; obecná historie; světová válka Available at various institutes of the ASCR
Individuální psychologická a historická přítomnost – v čase a pronásledování i odveta Židů v době druhé světové války

Nově definovaný psychologický jev „Individuální psychologické a historické přítomnosti v čase“ je odvozen z poznatků o mozkovém časování. Přispívá k vysvětlení trvání paměťových stop týkajících se ...

Radil, Tomáš
Fyziologický ústav, 2007

Tools for 3D Visualization of Structures in Biology
Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
2007 - English
Článek popisuje prostředky pro vizualizaci trojrozměrných skalárních dat získaných laserovým konfokálním mikroskopem z velkých biologických vzorků. Těmito prostředky jsou programy využívající PC kartu VolumePro firmy Terarecon, USA a běžné grafické karty podporující DirectX a OpenGL By consecutive scanning of layers of the biological specimen by a confocal microscope we obtain a stack of optical sections, i.e. a 3D digital representation of the specimen. Our research focuses, on volume reconstruction of large biological tissues, i.e. tissues greater than field of view and/or thicker than maximal depth of scanning of the confocal microscope. As a result of volume reconstruction we obtain a high resolution 3D image of the biological specimen. In order to visualize 3D objects on 2D computer screens we developed several tools including visualization by a specialized VolumePro board and by using consumer graphics cards supporting DirectX and OpenGL Keywords: 3D visualization; OpenGL; DirectX; 3d; vizualizace Available at various institutes of the ASCR
Tools for 3D Visualization of Structures in Biology

Článek popisuje prostředky pro vizualizaci trojrozměrných skalárních dat získaných laserovým konfokálním mikroskopem z velkých biologických vzorků. Těmito prostředky jsou programy využívající PC kartu ...

Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
Fyziologický ústav, 2007

Analýza konfokálních snímků vláknitých struktur
Janáček, Jiří; Saxl, Ivan; Mao, X. W.; Kubínová, Lucie
2007 - Czech
Příspěvek se zabývá analýzou 3D konfokálních snímků krevních vlásečnic pomocí digitálních filtrů, segmentace a mediální osy Aim of the paper is analysis of 3D confocal images of blood capillaries by digital filters, segmentation and medial axis extraction Keywords: capillaries; confocal microscopy; image analysis; analýza; číslicové filtry Available at various institutes of the ASCR
Analýza konfokálních snímků vláknitých struktur

Příspěvek se zabývá analýzou 3D konfokálních snímků krevních vlásečnic pomocí digitálních filtrů, segmentace a mediální osy...

Janáček, Jiří; Saxl, Ivan; Mao, X. W.; Kubínová, Lucie
Fyziologický ústav, 2007

Vizualization of large biological tissue specimens using confocal laser scanning microscopy
Čapek, Martin; Kubínová, Lucie; Hána, K.; Smrčka, P.
2006 - English
Objemová rekonstrukce je metoda sloužící k vizualizaci trojrozměrné struktury biologických vzorků, jejichž velikost může být větší než je horizontální či axiální zorné pole snímacího systému (v našem případě laserového konfokálního mikroskopu). Velké vzorky je nutné nařezat na tenké fyzické řezy. Pak se snímají všechny sousedící a překrývající se objemové obrazy v rámci jednotlivých fyzických řezů (kompenzace omezeného horizontálního zorného pole). Takové sousedící obrazy se dále získají pro všechny sériové fyzické řezy (kompenzace omezeného axiálního zorného pole) In biology there is often necessary to visualize a biological specimen which size is greater when compared with the field of view of a used optical acquisition instrument. The visualization of such the specimen can be achieved by volume reconstruction. We study biological specimens by using a confocal laser scanning microscope which is able to capture a digital volume representation of the specimen. We investigate great specimens containing, for example, a human tooth pulp, an epithelial layer and a vascular bed of chick embryonic gut or chick embryonic kidneys Keywords: confocal microscopy; volume reconstruction; volume visualization; objem; biologie Available at various institutes of the ASCR
Vizualization of large biological tissue specimens using confocal laser scanning microscopy

Objemová rekonstrukce je metoda sloužící k vizualizaci trojrozměrné struktury biologických vzorků, jejichž velikost může být větší než je horizontální či axiální zorné pole snímacího systému (v našem ...

Čapek, Martin; Kubínová, Lucie; Hána, K.; Smrčka, P.
Fyziologický ústav, 2006

Volume visualization of large biological tissue specimens
Čapek, Martin; Kubínová, Lucie; Janáček, Jiří; Hána, K.; Smrčka, P.
2006 - English
Objemová vizualizace velkých biologických tkáňových vzorků se skládá z následujících kroků: nařezání preparátu na tenké fyzické řezy, nasnímání překrývajících se obrazových dat z fyzických řezů, horizontální skládání překrývajících se obrazových dat s použitím registrace do 3D sub-obrazu reprezentující jeden fyzický řez, vertikální skládání sub-obrazů fyzických řezů s použitím elastické registrace do výsledné 3D reprezentace biologického preparátu a vizualizace 3D obrazu s využitím VolumePro hardware We apply volume reconstruction for visualization of a biological specimen greater than the field of view of a confocal laser scanning microscope. Prior to the volume reconstruction, large specimens are cut into thin physical slices. The first step of volume reconstruction is acquisition of digital volume images (spatial tiles which overlap) from all studied physical slices. The second step is horizontal merging of overlapping spatial tiles of the same physical slice using a registration algorithm based on a mutual information and translation. The third reconstruction step is vertical merging of digital volumes of successive physical slices using an elastic registration algorithm based on B-splines. The resulting large digital volumes are visualized by a VolumePro hardware board that provides volume rendering in real-time. In this paper we show a reconstruction of a chick embryonic kidney. Keywords: confocal microscopy; volume reconstruction; objem; rekonstrukce Available at various institutes of the ASCR
Volume visualization of large biological tissue specimens

Objemová vizualizace velkých biologických tkáňových vzorků se skládá z následujících kroků: nařezání preparátu na tenké fyzické řezy, nasnímání překrývajících se obrazových dat z fyzických řezů, ...

Čapek, Martin; Kubínová, Lucie; Janáček, Jiří; Hána, K.; Smrčka, P.
Fyziologický ústav, 2006

Measurement of length and euler characteristic in 3D images
Janáček, Jiří; Saxl, Ivan
2006 - English
Práce uvádí účinné metody automatizovaného měření délky a Eulerovy charakteristiky v 3D obrazech a odhady chyb měření způsobené obrazovým šumem Efficient methods for automatic measurement of length and Euler characteristic in 3D are presented. The effect of background noise on the measurements is estimated Keywords: 3D; length; Euler characteristic; 3d; délka Available at various institutes of the ASCR
Measurement of length and euler characteristic in 3D images

Práce uvádí účinné metody automatizovaného měření délky a Eulerovy charakteristiky v 3D obrazech a odhady chyb měření způsobené obrazovým šumem...

Janáček, Jiří; Saxl, Ivan
Fyziologický ústav, 2006

Volume reconstruction of large biological tissue specimens
Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
2006 - English
Objemová rekonstrukce slouží k trojrozměrné vizualizaci biologických vzorků, jejichž velikost může být větší než je zorné pole snímacího systému (laserového konfokálního mikroskopu).Velké vzorky je nutné nařezat na tenké fyzické řezy. Následně se snímají všechny sousedící objemové obrazy v rámci jednotlivých fyzických řezů (kompenzace omezeného horizontálního zorného pole). Takové obrazy se dále získají pro všechny sériové fyzické řezy (kompenzace omezeného axiálního zorného pole).První krok objemové rekonstrukce představuje složení překrývajících se sousedních zorných polí téhož fyzického řezu. Složené objemové obrazy fyzických řezů je pak nutno složit ve výsledný objemový obraz reprezentující celý biologický vzorek. Výsledný digitální objem jsem vizualizovali s využitím karty VolumePro nabízející 3D zobrazení rastrových dat v reálném čase Volume reconstruction is a technique for visualization of a biological specimen which is greater than the field of view of a used optical instrument - a confocal laser scanning microscope in our case. The first step of volume reconstruction is acquisition of sets of digital volume images (spatial tiles which overlap) from all studied physical slices. The second step is horizontal merging of overlapping spatial tiles of the same physical slice (mosaicking). The third reconstruction step is vertical merging of digital volumes of successive physical slices of the specimen. The resulting large digital volumes are visualized using a VolumePro hardware board that offers real-time 3D volume rendering. In this paper we show a reconstruction of a chick embryonic kidney Keywords: confocal microscopy; volume reconstruction; volume visualization; rekonstrukce; objem Available at various institutes of the ASCR
Volume reconstruction of large biological tissue specimens

Objemová rekonstrukce slouží k trojrozměrné vizualizaci biologických vzorků, jejichž velikost může být větší než je zorné pole snímacího systému (laserového konfokálního mikroskopu).Velké vzorky je ...

Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
Fyziologický ústav, 2006

Diversity in muscle fibre type cappilary supply
Eržen, I.; Kubínová, Lucie; Janáček, Jiří; Čebašek, V.; Ribarič, S.
2006 - English
Byla porovnávána kapilární síť v pomalých (soleus) a rychlých (extensor digitorum longus) kontrolních, denervovaných a reinervovaných krysích svalech s využitím stereologie a konfokální mikroskopie Capillary network in slow soleus and fast extensor digitorum longus control, denervated and reinnervated rat muscles was compared using stereology and confocal microscopy Keywords: capillaries; skeletal muscle; stereology; svaly; typologie Available at various institutes of the ASCR
Diversity in muscle fibre type cappilary supply

Byla porovnávána kapilární síť v pomalých (soleus) a rychlých (extensor digitorum longus) kontrolních, denervovaných a reinervovaných krysích svalech s využitím stereologie a konfokální ...

Eržen, I.; Kubínová, Lucie; Janáček, Jiří; Čebašek, V.; Ribarič, S.
Fyziologický ústav, 2006

On calculation of chamfer distance and Lipschitz covers in digital images
Štencel, Mikuláš; Janáček, Jiří
2006 - English
Práce se zabývá důkazem správnosti dvojprůchodového algoritmu pro výpočet digitální vzdálenosti v obrazech libovolné dimenze a použitím téhož algoritmu pro výpočet Lipschitzovy obálky, která je užitečná pro odstranění obrazového pozadí Aim of the paper is the chamfer distance transform of the binary digital image in arbitrary dimension and corresponding Lipschitz cover of grayscale image. Validity of the double-scan algorithm is proved. The Lipschitz cover is usefull for elimination of the image background Keywords: chamfer distance; Lipschitz cover; background elimination; vzdálenost; eliminace Available at various institutes of the ASCR
On calculation of chamfer distance and Lipschitz covers in digital images

Práce se zabývá důkazem správnosti dvojprůchodového algoritmu pro výpočet digitální vzdálenosti v obrazech libovolné dimenze a použitím téhož algoritmu pro výpočet Lipschitzovy obálky, která je ...

Štencel, Mikuláš; Janáček, Jiří
Fyziologický ústav, 2006

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases