Used filters (1)  Zrušit všechna omezení
Number of found documents: 30508
Published from to

Structural biology approach to biotechnological problems
IERMAK, Iuliia
2017 - English
Enhancement of the catalytic performance of various enzymes in the reaction systems requires advanced studies of enzymes' structure-function relationships. The obtained information is used to engineer favourable enzyme variants exhibiting beneficial properties for applications in biotechnology. In the thesis X-ray crystallographic analysis was successfully employed for the structure-functional characterization of the glyceraldehyde dehydrogenase from thermophilic bacterium Thermoplasma acidophilum (TaAlDH). This enzyme is one of the key enzymes in the cell-free system for the production of ethanol or isobutanol from glucose. The second part of the thesis describes optimization by structure-guided engineering of the haloalkane dehalogenase LinB from the soil bacterium Sphingobium japonicum UT26, used for the effective degradation of halogenated environmental pollutants. Enhancement of the catalytic performance of various enzymes in the reaction systems requires advanced studies of enzymes' structure-function relationships. The obtained information is used to engineer favourable enzyme variants exhibiting beneficial properties for applications in biotechnology. In the thesis X-ray crystallographic analysis was successfully employed for the structure-functional characterization of the glyceraldehyde dehydrogenase from thermophilic bacterium Thermoplasma acidophilum (TaAlDH). This enzyme is one of the key enzymes in the cell-free system for the production of ethanol or isobutanol from glucose. The second part of the thesis describes optimization by structure-guided engineering of the haloalkane dehalogenase LinB from the soil bacterium Sphingobium japonicum UT26, used for the effective degradation of halogenated environmental pollutants. Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Structural biology approach to biotechnological problems

Enhancement of the catalytic performance of various enzymes in the reaction systems requires advanced studies of enzymes' structure-function relationships. The obtained information is used to engineer ...

IERMAK, Iuliia
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2017

Přesné kvantově mechanické výpočty nekovalentních interakcí: Racionalizace rentgenových krystalových geometrií aparátem kvantové chemie
Hostaš, Jiří; Hobza, Pavel; Burda, Jaroslav; Jurečka, Petr
2017 - English
There is a need for reliable rules of thumb for various applications in the area of biochemistry, supramolecular chemistry and material sciences. Simultaneously, the amount of information, which we can gather from X-ray crystal geometries about the nature of recognition processes, is limited. Deeper insight into the noncovalent interactions playing the most important role is needed in order to revise these universal rules governing any recognition process. In this thesis, systematic development and study of the accuracy of the computational chemistry methods followed by their applications in protein DNA and host guest systems, are presented. The non-empirical quantum mechanical tools (DFT-D, MP2.5, CCSD(T) etc. methods) were utilized in several projects. We found and confirmed unique low lying interaction energies distinct from the rest of the distributions in several amino acid−base pairs opening a way toward universal rules governing the selective binding of any DNA sequence. Further, the predictions and examination of changes of Gibbs energies (ΔG) and its subcomponents have been made in several cases and carefully compared with experiments. We determined that the choline (Ch+) guest is bound 2.8 kcal/mol stronger (calculated ΔG) than acetylcholine (ACh+) to self-assembled triple helicate rigid... Spolehlivá a jednoduše aplikovatelná pravidla jsou potřebná v oblasti biochemie, supramolekulární chemie i materiálových vědách. Zároveň množství informací, které můžeme získat z rentgenových krystalových struktur o povaze rozpoznávacích procesů, je omezené. Lepší pochopení nekovalentních interakcí, které hrají nejdůležitější roli, je potřebné pro přezkoumání univerzálních pravidel, řídících jakékoliv rozpoznávací procesy. V této práci je prezentován systematický vývoj a studium přesnosti výpočetních metod, doplněný aplikacemi na systémech bílkovina DNA a hostitel host. Ne-empirické kvantově mechanické nástroje (metody DFT-D, MP2.5, CCSD(T) atd.) byly využity v několika projektech. Našli a potvrdili jsme existenci unikátních nízko ležících interakčních energií, vzdálených od zbývajících distribucí v několika párech aminokyselina−báze, které otevírají cestu k univerzálním pravidlům řídícím selektivní navázání jakékoliv sekvence DNA. Dále byly v několika případech provedeny predikce a ověřeny změny Gibbsovy energie (ΔG) a jejich komponentů a nakonec byly pečlivě porovnány s experimenty. Stanovili jsme, že molekula cholinu (Ch+) je vázána o 2.8 kcal/mol silněji (vypočtením ΔG) než acetylcholin (ACh+) v samo-uspořádané tří helikální rigidní kleci, odpovídající K(Ch+)/K(ACh+) = 109, což je v poměrně... Keywords: Non-empirical semi-empirical calculations; coupled cluster method; SAPT method Available in a digital repository NRGL
Přesné kvantově mechanické výpočty nekovalentních interakcí: Racionalizace rentgenových krystalových geometrií aparátem kvantové chemie

There is a need for reliable rules of thumb for various applications in the area of biochemistry, supramolecular chemistry and material sciences. Simultaneously, the amount of information, which we ...

Hostaš, Jiří; Hobza, Pavel; Burda, Jaroslav; Jurečka, Petr
Univerzita Karlova, 2017

Tvorba a analýza mutantních myších modelů pro studium patofyziologické role KLK5 a KLK7 v pokožce
Kašpárek, Petr; Sedláček, Radislav; Stopka, Pavel; Machoň, Ondřej
2017 - English
Kallikrein-related peptidases (KLKs) constitute a family of closely related serine proteases encoded by genes clustered in one chromosomal locus. KLKs are widely expressed in a variety of tissues and numerous in vitro experiments suggest their important roles in many physiological and pathological processes. However, the biological roles of KLKs in vivo are often obscured mainly due to unavailability of suitable animal models. Although gene deficient mouse models were generated for several KLK genes, they had limited use for understanding the roles of individual proteases in the complex environment in vivo. One of the main obstacles which hampers in vivo analysis is partial functional overlap between some KLKs. This makes traditional single-gene deficient animal models an inadequate tool to address the biological impact of the gene deficiency as compensatory mechanisms often result in a lack of phenotype. In this work, we used the transcription activator-like effector nuclease (TALEN) technology to generate several novel mutant mouse models to study the complex KLK proteolytic pathways and their roles in healthy organism and in disease. We prepared a novel mouse model for Netherton syndrome (NS), an autosomal recessive skin disorder caused by mutation in the gene SPINK5, which encodes the KLK-inhibitor... Peptidázy příbuzné kallikreinu (KLK) představují rodinu vzájemně spřízněných serinových proteáz, které jsou kódovány geny umístěnými v jediném chromozomálním lokusu. Jejich exprese byla popsána v mnoha tkáních a řada experimentů in vitro naznačuje významnou roli KLK v mnoha fyziologických i patologických procesech. Přesto jsou skutečné úlohy KLK v živém organismu stále ne zcela objasněny, což je způsobeno zejména nedostatkem vhodných zvířecích modelů pro jejich studium. Přestože genově-deficientní myší modely pro některé KLK již byly vytvořeny, jejich význam pro objasnění rolí těchto proteáz v komplexním prostředí živého organismu byl jen omezený. Jednou z hlavních překážek je částečný funkční překryv mezi některými KLK. Inaktivace jednoho genu tudíž často nevede ke změně fenotypu v důsledku funkční kompenzace mezi jednotlivými proteázami. Zdá se tedy, že klasické myší modely deficientní pro jeden gen jsou ne zcela vhodným nástrojem pro studium KLK in vivo. V této práci jsme použili TAL efektor nukleázy (TALENy) pro přípravu několika nových mutantních myších linií, které umožňují analýzu komplexních proteolytických sítí tvořených KLK a studium jejich role ve zdravém organismu i během chorobných procesů. Připravili jsme nový model pro Nethertonův syndrom (NS), autosomálně recesivní kožní chorobu způsobenou... Available in a digital repository NRGL
Tvorba a analýza mutantních myších modelů pro studium patofyziologické role KLK5 a KLK7 v pokožce

Kallikrein-related peptidases (KLKs) constitute a family of closely related serine proteases encoded by genes clustered in one chromosomal locus. KLKs are widely expressed in a variety of tissues and ...

Kašpárek, Petr; Sedláček, Radislav; Stopka, Pavel; Machoň, Ondřej
Univerzita Karlova, 2017

Interakce savčích endogennich retrovirů a jejich hostitelů
Farkašová, Helena; Elleder, Daniel; Hirsch, Ivan; Mělková, Zora
2017 - English
Endogenous retroviruses (ERVs) originate by germline infection and subsequent mendelian inheritance of their exogenous counterparts. With notable exceptions, all mammalian ERVs are evolutionarily old and fixed in the population of its host species. Some groups of retroviruses were believed not to be able to form endogenous copies. We discovered an additional endogenous Lentivirus and a first endogenous Deltaretrovirus. Both of these groups were previously considered unable to form endogenous copies. Endogenous lentiviruses were discovered only recently and are still quite rare. These are still just small pieces of evidence insufficient to give a broader picture about the history of virus endogenization. We described a novel endogenous Lentivirus in the genome of Malayan colugo (Galeopterus variegatus) denoted ELVgv (endogenous Lentivirus of G. variegatus). Based on several analyses we proved that this is the oldest Lentivirus discovered up to date and confirmed its presence in the only other extant species of Dermoptera - Cynocephalus volans. Endogenous deltaretroviruses were the last group without a single endogenous member. We detected the remnants of endogenous Deltaretrovirus in the genome of Natal Long-fingered bat (Miniopterus natalensis). However, this sequence was present in the genome only in one... Endogenní retroviry (ERV) vznikají retrovirovou infekcí zárodečné linie a následným přenosem do dalších generací podle pravidel Mendelovy dědičnosti. Až na pár výjimek jsou všechny druhy savčích ERV evolučně staré a fixované v populaci svých hostitelských druhů. O některých skupinách retrovirů se předpokládálo, že nejsou schopny vytvářet endogenní kopie. Objevili jsme další příklad endogenního Lentiviru a první endogenní Deltaretrovirus. Obě tyto skupiny byly dříve považovány za neschopny vytvářet endogenní kopie. Endogenní lentiviry byly objeveny pouze nedávno a stale se považují za velmi vzácné. Toto jsou stále jen minoritní důkazy z kterých nemůžeme získat celkový obraz o průběhu virové endogenizace. Popsali jsme nový endogenní Lentivirus v genomu letuchy malajské (Galeopterus variegatus) a nazvali ho ELVgv (endogenous Lentivirus of G. variegatus). Na základě několika analýz jsme dokázali, že se jedná o nejstarší dosud objevený Lentivirus, a potvrdili jsme jeho přítomnost v jediném jiném současném druhu Dermopter - Cynocephalus volans. Endogenní deltaretroviry byly poslední retrovirovou skupinou bez nalezeného endogenního člena. Našli jsme zbytky endogenního Deltaretroviru v genomu netopýra létavce natalského (Miniopterus natalensis). Tato retrovirová sekvence byla přítomna v genomu pouze v jedné kopii.... Keywords: endogenní retroviry; virová replikace; endogenous retroviruses; virus replication Available in a digital repository NRGL
Interakce savčích endogennich retrovirů a jejich hostitelů

Endogenous retroviruses (ERVs) originate by germline infection and subsequent mendelian inheritance of their exogenous counterparts. With notable exceptions, all mammalian ERVs are evolutionarily old ...

Farkašová, Helena; Elleder, Daniel; Hirsch, Ivan; Mělková, Zora
Univerzita Karlova, 2017

Vaření a stolování za časů války a míru: Proměny kontextů a módů produkce, přípravy a konzumace jídla v Srebrenici, Bosně a Hercegovině
Slavková, Markéta; Bittnerová, Dana; Šístek, František; Halbich, Marek
2017 - English
Cooking and Dining in Times of War and Peace: Changing Contexts and Modes of Food Production, Preparation and Consumption in Srebrenica, Bosnia and Herzegovina Mgr. Markéta Slavková Abstract (English) This project opens up the topic of armed conflict and subsequent post-conflict development in the Former Yugoslavia from a non-traditional perspective - that of the anthropology of food. At the centre of attention there stand the ways in which the production, preparation and consumption of food were and are carried out in Srebrenica, BiH in the context of the dramatic changes that the region has undergone over the last few decades. Food is the precondition of reproduction, a primary form of interaction with the world, a mediator of socialization, a sign of identity and social cohesion but also a tool of power. In this sense, Farquhar notes that the "mantra" 'You are what you eat,' continues to be thematized by social sciences (Farquhar, 2006: 146). On the other hand, the question of the relationship between social actors and their "daily bread" in conditions of starvation and overall material scarcity in wartime has not been satisfyingly answered. This project, based on long-term ethnographic fieldwork, addresses these issues more closely, affording greater insight into them. Cooking and Dining in Times of War and Peace: Changing Contexts and Modes of Food Production, Preparation and Consumption in Srebrenica, Bosnia and Herzegovina Mgr. Markéta Slavková Abstrakt (čeština) Tento projekt otevírá téma ozbrojeného konfliktu a následného post-konfliktního rozvoje v bývalé Jugoslávii, přičemž problematiku netradičně analyzuje skrze subdisciplínu antropologie jídla. V centru zájmu stojí způsoby produkce, přípravy a konzumace potravy v Srebrenici, BaH v kontextu dramatických změn, kterými region prošel zhruba za posledních několik desetiletí. Jídlo je podmínkou reprodukce, primární formou interakce se světem, mediátor socializace, znak identity a sociální koheze a v neposlední řadě i nástroj moci. V tomto smyslu Farquhar podotýká, že "mantra": 'Jsi to, co jíš,' je i nadále tématizovaná v rámci společenských věd (Farquhar, 2006: 146). Na druhou stranu, otázkou zůstává, co se děje se vztahem mezi sociálním aktérem a jeho/její potravou, když hladoví - za podmínek všeobecného materiálního nedostatku, který nastává v době války. Tento projekt se snaží nalézt odpovědi na zvýše zmíněné otázky na základě dlouhodobého etnografického výzkumu. Keywords: Antropologie jídla; subsitenční strategie; produkce; příprava a konzumace potravy; sociální změna; válka v BiH 1992-1995; identita; Srebrenica; Bosna a Hercegovina; Anthropology of food; subsistence strategies; production; preparation and consumption of food; social change; war in BiH 1992-1995; identity; Srebrenica; Bosnia and Herzegovina Available in a digital repository NRGL
Vaření a stolování za časů války a míru: Proměny kontextů a módů produkce, přípravy a konzumace jídla v Srebrenici, Bosně a Hercegovině

Cooking and Dining in Times of War and Peace: Changing Contexts and Modes of Food Production, Preparation and Consumption in Srebrenica, Bosnia and Herzegovina Mgr. Markéta Slavková Abstract (English) ...

Slavková, Markéta; Bittnerová, Dana; Šístek, František; Halbich, Marek
Univerzita Karlova, 2017

Obálkovité struktury v mezihvězdné hmotě: Pozorování versus simulace
Sidorin, Vojtěch; Palouš, Jan; Kulhánek, Petr; Recchi, Simone
2017 - English
Title: Shell-like structures in the ISM: Observation versus simulations Author: Vojtěch Sidorin (vojtech.sidorin@gmail.com)1 Department: Astronomical Institute of Charles University2 Supervisor: Prof. RNDr. Jan Palouš, DrSc. (palous@asu.cas.cz), Astronomical Institute of the Czech Academy of Sciences3 Abstract: Shell-like structures are objects found in large numbers in the inter- stellar medium (ISM). They usually appear as bubbles or segments of bubbles and are believed to result from the deposition of mass and energy into the ISM by stars, gamma-ray bursts, or high-velocity clouds. Interstellar turbulence may play a role in their creation too. These structures influence the dynamics of the ISM and are also linked to star formation. In this thesis, I review our current knowledge of the ISM, interstellar turbulence, and shell-like structures in the ISM. Then I present the research into the GLIMPSE bubble N107 conducted in collaboration with my colleagues. N107 is a dusty shell-like structure found in our Galaxy. We explored its atomic, molecular, and radio-continuum components; derived its distance (3.6 kpc), size (radius of 12 pc), and expansion velocity (8 km s−1 ); and identified 49 associated molecular clumps. Using numerical simulations, we estimated the conditions under which N107 formed and concluded... Název práce: Obálkovité struktury v mezihvězdné hmotě: Pozorování versus simulace Autor: Vojtěch Sidorin (vojtech.sidorin@gmail.com)1 Katedra (ústav): Astronomický ústav Univerzity Karlovy2 Vedoucí dizertační práce: prof. RNDr. Jan Palouš, DrSc. (palous@asu.cas.cz), Astronomický ústav Akademie věd České republiky3 Abstrakt: Obálkovité struktury (angl. shell-like structures) jsou objekty, které se vyskytují ve velkém množství v mezihvězdné hmotě. Obvykle vypadají jako bubliny nebo segmenty bublin a věří se, že vznikají v důsledku uložení hmoty a energie do mezihvězdného prostředí hvězdami, gama záblesky nebo rychle se pohybujícími oblaky (angl. high-velocity clouds). Také turbulence v mezihvězdném prostředí může hrát roli při jejich vzniku. Tyto struktury ovlivňují dynamiku mezi- hvězdné hmoty a jsou rovněž spojeny s hvězdnou tvorbou. V této dizertační práci shrnuji naše současné poznatky o mezihvězdné hmotě, turbulenci v mezihvězdném prostředí a obálkovitých strukturách. Poté popisuji výzkum GLIMPSE bubliny N107, kterému jsem se věnoval ve spolupráci s kolegy. N107 je prachová obálkovitá struktura v naší Galaxii. Ve výzkumu jsme se zaměřili na její atomární, molekulární a radiovou (kontinuum) složku; odvodili vzdálenost (3.6 kpc), velikost (poloměr 12 pc) a rychlost expanze (8 km s−1 ); a také identifikovali... Keywords: ISM: bubbles; ISM: general; ISM: GLIMPSE bubble N107; methods: data analysis; turbulence; ISM: bubbles; ISM: general; ISM: GLIMPSE bubble N107; methods: data analysis; turbulence Available in a digital repository NRGL
Obálkovité struktury v mezihvězdné hmotě: Pozorování versus simulace

Title: Shell-like structures in the ISM: Observation versus simulations Author: Vojtěch Sidorin (vojtech.sidorin@gmail.com)1 Department: Astronomical Institute of Charles University2 Supervisor: Prof. ...

Sidorin, Vojtěch; Palouš, Jan; Kulhánek, Petr; Recchi, Simone
Univerzita Karlova, 2017

Šíření tvorby hvězd
Dinnbier, František; Wünsch, Richard; Brož, Miroslav; Naab, Thorsten
2017 - English
Massive stars are powerful energetic sources shaping their surrounding interstellar medium, which is often swept up into a cold dense shell. If the shell fragments and forms a new generation of massive stars, the stars may form new shells, and this sequence repeats recursively leading to propagating star formation. Using three dimensional hydrodynamic simulations, we investigate fragmentation of the shell in order to estimate masses of stars formed in the shell. We develop a new numerical method to calculate the gravitational potential, which enables us to approximate a part of the shell with a plane-parallel layer. Our main results are as follows. Firstly, we compare our numerical calculations to several analytical theories for shell fragmentation, constrain the parameter space of their validity, and discuss the origin of their limitations. Secondly, we report a new qualita- tively different mode of fragmentation - the coalescence driven collapse. While layers with low pressure confinement form monolithically collapsing fragments, layers with high pressure confinement firstly break into stable fragments, which subsequently coalesce. And thirdly, we study whether layers tend to self-organise and form regular patterns as was suggested in literature, and we find no evidence for this conjecture. Based on our... Hmotné hvězdy představují silné zdroje energie mající podstatný vliv na stav mezihvězdné látky v jejich blízkosti, kterou mnohdy shrnou do husté a chladné obálky. Pokud tato obálka fragmentuje a vytvoří hvězdy, které jsou dostatečně hmotné k tomu aby sami vytvořily další obálky, může docházet k postupnému šíření tvorby hvězd. V této práci studujeme, na základě trojrozměrných hydrody- namických simulací, fragmentaci těchto obálek za účelem odhadu hmotnosti frag- mentů, na které se tyto obálky rozpadají. Malou část povrchu obálky aproximu- jeme rovinnou vrstvou. K výpočtu gravitačního potenciálu v této konfiguraci jsme vyvinuli vlastní numerickou metodu. Hlavní výsledky jsou následující. Za prvé, pomocí numerických modelů testujeme prostor parametrů platnosti několika růz- ných analytických odhadů pro fragmentaci vrstev, a diskutujeme fyzikální příčinu omezené platnosti některých odhadů. Za druhé, u vrstev ohraničených externím prostředím s vysokým tlakem pozorujeme kvalitativně jiný způsob fragmentace, kolaps řízený sléváním. Zatímco vrstvy ohraničené prostředím s nízkým tlakem tvoří odpočátku kolabující fragmenty, vrstvy ohraničené prostředím s vysokým tlakem se nejprve rozpadnou v gravitačně stabilní fragmenty, které se postupně slévají. Za třetí, vyšetřujeme zda se vrstvy během kolapsu samo-organisují a... Keywords: Tvorba hvězd; HII oblasti; nestability; vlny; Star formation; HII regions; instabilities; waves Available in a digital repository NRGL
Šíření tvorby hvězd

Massive stars are powerful energetic sources shaping their surrounding interstellar medium, which is often swept up into a cold dense shell. If the shell fragments and forms a new generation of ...

Dinnbier, František; Wünsch, Richard; Brož, Miroslav; Naab, Thorsten
Univerzita Karlova, 2017

Poetika imanence: performance divadlo Forced Entertainment
Suk, Jan; Wallace, Clare; Roraback, Erik Sherman; Voigts, Eckart
2017 - English
Jan Suk The Poetics of Immanence: Performance Theatre of Forced Entertainment Abstract The present dissertation thesis examines the multi-faceted nature of the devised as well as durational works of the British experimental theatre Forced Entertainment via the thought of Gilles Deleuze and Félix Guattari. The aim of the thesis is to explore the transformation- potentiality of the territory between the actors and the spectators. The transformativity of this interspace, or the territory in-between, is decodable namely via Forced Entertainment's performances' structural patterns, sympathy fostering aesthetics, virtual audience integration and accentuated emphasis of the now. The application of Deleuze's philosophy, chiefly the phenomenon of immanence, results in the definition of the poetics of immanence, whose operation enables the transformativity of theatrical space to be terminologically embraced. After delineating crucial terms, such as performance and theatre, live art, or postdramatic theatre, the initial chapter contextualizes Forced Entertainment as the pivotal experimental theatre group; the chapter further conducts an analysis of relevant critical literature in performance and theatre theory discourse. Chapter two provides a deeper contextualising study of the most significant Deleuzoguattarian... Jan Suk Poetika imanence: performance divadlo Forced Entertainment Abstrakt Předkládaná disertační práce zkoumá aplikací myšlenkových konceptů Gilla Deleuze a Félixe Guattariho mnohotvárnou povahu autorských představení britského experimentálního souboru Forced Entertainment. Hlavními cíli práce je prozkoumat transformativní teritorium mezi hercem a divákem. Transformativita tohoto meziprostoru v díle Forced Entertainment je dekódovatelná zejména skrze analýzu strukturálních vzorců, prvků provokujících sympatie, virtuální integrace diváka a zvýšeného důrazu na přítomnost. Aplikací terminologie Deleuzovi filosofie, zejména pak fenoménu imanence, dochází k definici pojmu poetika imanence, jejíž fungování právě tuto transformativitu divadelního prostoru dokáže terminologicky a myšlenkově uchopit. Po vymezení základních pojmů, jako je např. divadlo, performance, live art či postdramatické divadlo, úvodní kapitola kontextualizuje Forced Entertainment jakožto klíčové představitele současného experimentálního divadla; dále kapitola provádí analýzu relevantní odborné literatury v diskurzu divadelní teorie a performance. Druhá kapitola přináší hlubší vhled do nejsignifikantnějších prvků deleuzovské a deleuzoguattariovské filosofie, jako jsou např. rhizom, deteritorializace, dění (becoming), haecita a imanence; tyto... Keywords: Forced Entertainment; Gilles Deleuze; Félix Guattari; imanence; performance; divadlo; rhizom; dění; deteritorializace; selhání; Forced Entertainment; Gilles Deleuze; Félix Guattari; immanence; performance; theatre; rhizome; becoming; deterritorialization; failure Available in a digital repository NRGL
Poetika imanence: performance divadlo Forced Entertainment

Jan Suk The Poetics of Immanence: Performance Theatre of Forced Entertainment Abstract The present dissertation thesis examines the multi-faceted nature of the devised as well as durational works of ...

Suk, Jan; Wallace, Clare; Roraback, Erik Sherman; Voigts, Eckart
Univerzita Karlova, 2017

Úloha TRPV1 receptorů v nociceptivní signalizaci na míšní úrovni
Mrózková, Petra; Paleček, Jiří; Novotný, Jiří; Krůšek, Jan
2017 - English
Modulation of nociceptive synaptic transmission in the spinal cord dorsal horn plays a key role in the development and maintenance of pathological pain states and chronic pain diseases. Important role in this process play Transient receptor potential Vanilloid 1 receptors (TRPV1), present on presynaptic endings of primary afferents in the superficial spinal cord dorsal horn. Changes in TRPV1 activity have significant impact on nociceptive transmission. There are number of processes that influence the function of spinal TRPV1 receptors. This work is focused on the role of protease-activated receptors type 2 (PAR2), C-C motif chemokine ligand 2 (CCL2) and the effect of chemotherapeutic drug paclitaxel in modulation of synaptic nociceptive transmission and activation of TRPV1 receptors. PAR2 receptors belong to a family of four G-protein-coupled receptors activated by proteases. The role of PAR2 receptors in pain perception is closely related to their presence in a population of dorsal root ganglion neurons, where they are also co-expressed with TRPV1. Activation of PAR2 may lead to peripheral and central sensitization. Chemokine CCL2 and its main receptor CCR2 were suggested to be an important factor in the development of neuropathic pain after peripheral nerve injury. In our study we focused on the... Modulace nociceptivního synaptického přenosu v zadním rohu míšním hraje klíčovou úlohu v rozvoji a udržování zejména patologických a chronických bolestivých stavů. Důležitou roli v tomto procesu hrají vaniloidní receptory typu 1 (TRPV1), které jsou přítomny na presynaptických zakončeních primárních aferentních neuronů v superficiálních oblastech zadního rohu míšního. Změny v aktivitě míšních TRPV1 receptorů mají velký dopad na nociceptivní přenos. Existuje celá řada procesů, jejichž účinek na nociceptivní přenos je zprostředkován TRPV1 receptory a které ovlivňují jejich funkci. Tato práce se zaměřila zejména na úlohu proteázou aktivovaných receptorů typu 2 (PAR2), chemokinu CCL2 a chemoterapeutika paclitaxelu, spojeného s aktivací TLR4 receptorů. PAR2 patří do rodiny receptorů spojených s G proteiny a jsou aktivovány proteázami. Role PAR2 receptorů při vnímání bolesti je úzce spjata s jejich přítomností v populaci neuronů míšních ganglii kde jsou často exprimovány s TRPV1 receptory. Tato práce se proto soustředila na modulaci nociceptivní signalizace po aktivaci míšních PAR2 receptorů. Chemokin CCL2 se ukázal být důležitým faktorem v rozvoji neuropatické bolesti po poranění nervu. V provedených experimentech byl účinek aplikace CCL2 studován hlavně vzhledem k aktivaci míšních TRPV1 receptorů.... Keywords: synapse; bolest; TRPV; synapse; pain; TRPV Available in a digital repository NRGL
Úloha TRPV1 receptorů v nociceptivní signalizaci na míšní úrovni

Modulation of nociceptive synaptic transmission in the spinal cord dorsal horn plays a key role in the development and maintenance of pathological pain states and chronic pain diseases. Important role ...

Mrózková, Petra; Paleček, Jiří; Novotný, Jiří; Krůšek, Jan
Univerzita Karlova, 2017

Proteomická analýza leukemických buněčných linií po ozáření
Šalovská, Barbora; Řezáčová, Martina; Šebela, Marek; Ebhardt, H. Alexander
2017 - English
(ENG) Title of the dissertation: Proteomic analysis of gamma-irradiated human leukemic cells In the presented doctoral thesis, we aimed to elucidate molecular mechanisms underlying radiosensitization of MOLT-4 cell line (T-ALL) by specific inhibition of kinases from the phosphatidylinositol-3 kinase-related kinases (PIKKs) family. We tested two highly potent inhibitors of ATR and ATM, VE-821 and KU55933, respectively, for their effects on proliferation, viability, and cell cycle of sham-irradiated and irradiated MOLT-4 cells. Both inhibitors proved to radiosensitize MOLT-4 cells and furthermore, 10 µM VE-821 was shown to act as a strong antiproliferative agent in sham-irradiated MOLT-4 cells. To further describe cellular mechanisms underlying the VE-821-mediated radiosensitization of MOLT-4 cells, we employed high-resolution mass spectrometry to identify and quantify changes in proteome and phosphoproteome of irradiated VE-821-treated cells. As the detection and quantification of phosphorylated peptides in complex biological samples is challenging due to their low stoichiometry, we first compiled and optimized protocol for their enrichment. The protocol was then applied to study changes in radiosensitized MOLT-4 cells. In concordance with our expectations, VE-821 did not cause any significant... (CZE) Název dizertační práce: Proteomická analýza leukemických buněčných linií po ozáření V této dizertační práci jsme se zaměřili na objasnění molekulárních mechanismů radiosensibilizace leukemické buněčné linie MOLT-4 specifickou inhibicí kináz z rodiny fosfatidylinositol-3-kináza příbuzných kináz (PIKKs). Byly testovány dva vysoce účinné a selektivní inhibitory VE-821 (inhibitor ATR) a KU55933 (inhibitor ATM), pro jejich účinky na proliferaci, viabilitu a buněčný cyklus neozářených a ozářených buněk MOLT4. Aplikace obou inhibitorů způsobila radiosensibilizaci MOLT-4 buněk a 10 µM VE-821 navíc působil jako silné antiproliferativní agens i v neozářených MOLT-4 buňkách. K dalšímu popisu mechanismů, které jsou zodpovědné za radiosensibilizaci MOLT-4 buněk VE-821 inhibitorem byly použity hmotnostně spektrometrické metody. Pomocí metod kvantitativní proteomiky jsme identifikovali a kvantifikovali změny v proteomu a fosfoproteomu (tj. změny na úrovni fosforylace proteinů) buněk, které byly způsobeny účinkem inhibitoru v ozářených buňkách. Protože detekce a kvantifikace fosforylovaných peptidů v komplexních vzorcích je komplikována mimo jiné jejich relativně nízkým zastoupením, zaměřili jsme se nejprve na výběr optimální metody pro jejich selektivní izolaci ze směsi s nemodifikovanými peptidy.... Available in a digital repository NRGL
Proteomická analýza leukemických buněčných linií po ozáření

(ENG) Title of the dissertation: Proteomic analysis of gamma-irradiated human leukemic cells In the presented doctoral thesis, we aimed to elucidate molecular mechanisms underlying radiosensitization ...

Šalovská, Barbora; Řezáčová, Martina; Šebela, Marek; Ebhardt, H. Alexander
Univerzita Karlova, 2017

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases