Název: Využití gelově-založených proteomových technik při analýze genové exprese u prokaryotních a eukaryotních modelů
Překlad názvu: Analysis og gene expression in prokaryotic and eukaryotic model organisms by proteomic gel-based separation tools
Autoři: Petráčková, Denisa ; Weiser, Jaroslav (vedoucí práce) ; Nešvera, Jan (oponent) ; Stulík, Jiří (oponent)
Typ dokumentu: Disertační práce
Rok: 2011
Jazyk: cze
Abstrakt: [cze] [eng]
Tato dizertační práce ukázala možnosti využití gelově-separační techniky 2-DE při řešení tří nezávislých vědeckých projektů. Proteomické studie vhodně doplnily výsledky získané i jinými přístupy a přispěly k celkovému zobrazení proteinové situace v daných biologických systémech. Srovnáváním celkového proteomu E. coli bylo identifikováno 61 proteinových změn v souvislosti s vývojem bakteriální populace v přítomnosti antibiotika erytromycinu. Tento "klasický" experiment zahrnoval vhodnou izolaci vzorku, separaci a analýzu bílkovin pomocí 2-DE s následnou identifikací proteinů pomocí MS. Nevýhodou bylo velké množství výsledných dat, které bylo potřeba zpracovat (počítačovou analýzou dat). Naproti tomu v případě studia membránového proteomu B. subtilis při pH stresu bylo třeba primárně modifikovat metodu izolace membránových a s membránou asociovaných bílkovin pro jejich vhodnou separaci na 2-DE Optimalizace zahrnovala především úpravy v použitých chemikáliích-detergentech podílejících se na solubilizaci proteinů a časové prodloužení tohoto procesu. Detegováno bylo následně 5 významných proteinových změn v odpovědi na pH stres týkajících se proteinů AcoB, SodA, YjcH, YwaC a YkwC. Data byla doplněna údaji o rigidizaci membrány B. subtilis v kyselém prostředí (stanoveno pomocí pulzní časově rozlišená... This PhD thesis showed the applicability of a gel-based proteomic separation tool, 2-D electrophoresis in three independent projects. Supplemented with results obtained using different techniques the proteomic studies enabled a global imaging of proteoms in the studied biological systems. Comparing total proteoms of E. coli 61 protein changes were identified and connected with the development of the bacterial population in the presence of an antibiotic compound, erythromycin. This classic proteomic approach included sample extraction, optimization of its 2D separation followed by 2D gel analysis and protein identification by MS methods. A disadvantage of this work was an enourmously large amount of data to be analyzed by computer analysis. For the study of membrane proteom of B. subtilis during a pH induced stress, on the other hand, a modification of isolation techniques for membrane and membrane associated proteins was required first to improve the subsequent protein separation by 2-D electrophoresis. The optimalization of protein extraction included changes in detergents used for protein solubilization and a prolongation of time periods in the protein solubilization protocol. 5 relevant protein changes were then described that play a role in the bacterial response to pH stress. The proteins were...
Klíčová slova: akutní lymfoblastická leukémie (ALL); Bacillus subtilis; dvojrozměrná elektroforéza; E. coli; kontinuálni kultivace; kostní plazma; membránová frakce; proteom; acute lymfoblastic leukemia (ALL); Bacillus subtilis; bone plasma; continual cultivation; E.coli; membrane fraction; proteome; two dimensional electrophoresis (2-DE)

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/47779

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-312065


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Disertační práce