Název: Genotypizace u makaků ve výzkumu infekce virem HIV
Překlad názvu: MHC and KIR genotyping of macaques in HIV infection research
Autoři: Matula, Jan ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Bakalářské práce
Rok: 2017
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Moderní výzkum virových onemocnění je závislý na analýze genetických dat a to nejen samotných virových sekvencí, ale i specifických receptorů, které na virové onemocnění reagují. Tato práce představuje balíček nástrojů vytvořený v programovacím jazyce R s využitím nadstavby Bioconductor pro zpracování dat produkovaných next generation sekvenátory. Balíček využívá pokročilý algoritmus SSAHA pro porovnávání neznámých sekvencí DNA s referenční databází. Funkčnost balíčku je demonstrována na datech získaných sekvenováním MHC a KIR receptorů HIV pozitivních makaků na platformě Roche 454. Modern research of viral diseases relies on genomic data processing. Not only is the sequence of a virus important, genomic sequence of specific receptors in affected organisms also plays an important role. In this paper, a novel package for processing of next generation sequencing data in infectious disease written using R/Bioconductor language is proposed. Functionality of the package, including implementation of advanced SSAHA algorithm for fast database searches, is demonstrated using genotyping of genes for MHC and KIR receptors of HIV positive macaques.
Klíčová slova: databáze; genotypizace; HIV; MHC; R; SSAHA; databases; genotyping; HIV; MHC; R; SSAHA

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/68174

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-320283


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Bakalářské práce