Název:
Změny v metylaci DNA u pacientek s ovariálním karcinomem
Překlad názvu:
DNA methylation changes in ovarian cancer patients
Autoři:
Chmelařová, Marcela ; Palička, Vladimír (vedoucí práce) ; Vávrová, Jiřina (oponent) ; Bouda, Jiří (oponent) Typ dokumentu: Disertační práce
Rok:
2013
Jazyk:
cze
Abstrakt: [cze][eng] Souhrn V naší práci jsme se zabývali studiem změn v metylaci DNA u ovariálního karcinomu. Vzhledem k agresivitě tohoto onemocněni je velice důležité podrobně zmapovat molekulárně biologické parametry včetně těch epigenetických, jež by později mohly být využity jak v diagnostice, tak léčbě ovariálního karcinomu. Nejprve jsme se zaměřili na zavedení a zoptimalizování technik vhodných pro analýzu metylace DNA izolované z parafínových bločků. Dalším krokem byla analýza vybraných CpG míst především tumor supresorových genů. Tkáňové vzorky ovariálních adenokarcinomů a normální ovariální tkáně fixované formalínem, zalité parafínem byly získány od 109 žen (69 pacientek s ovariálním karcinomem, 40 pacientek s nenádorovými ovárii) léčených na Porodnické a gynekologické klinice, Fakultní nemocnice Hradec Králové. Vzorky nenádorových ovárií byly získány od pacientek operovaných pro nemaligní diagnózu. DNA byla izolována použitím Qiagen DNA extrakčního kitu. Zavedli a zoptimalizovali jsme dvě metodiky - MSP (metylačně specifickou PCR) a MS-MLPA (Methylation Specific Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification). Zjistili jsme, že pro analýzu metylace málo kvalitní DNA izolované z parafínových bločků je vhodnější MS-MLPA než MSP. Tato skutečnost je dána především tím, že MS-MLPA nevyžaduje poměrně agresivní...DNA methylation changes in ovarian cancer patients. In our work we studied DNA methylation changes in ovarian cancer. Due to the aggressive nature of this disease, it is very important to obtain detailed mapping of molecular parameters including epigenetics. These parameters could potentially be used in the diagnostics and treatment of ovarian cancer. To begin with, we focused on establishing and optimizing techniques which are suitable for methylation analysis of DNA isolated from paraffin blocks. The next step was to analyze selected CpG loci primarily of tumor suppressor genes. Formalin-fixed, paraffin-embedded tissue samples from both ovarian adenocarcinomas and normal ovarian tissue were obtained from 109 women (69 patients with ovarian cancer, 40 patients with normal ovarium) treated at the Department of Obstetrics and Gynecology, University Hospital Hradec Kralove. The samples of normal ovary were obtained from patients surgically treated for non-malignant diagnosis. DNA was extracted using a Qiagen DNA extraction kit. We established and optimized two techniques - MSP (Methylation specific PCR) and MS-MLPA (Methylation Specific Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification). We discovered that for methylation analysis of poor quality DNA isolated from paraffin blocks MS-MLPA is more...
host ::
