Název: Využití deep-sequencing při studiu závislostí průběhu lentivirové infekce na variabilitě receptorů přirozené imunity.
Překlad názvu: Analysis of association of MHC and KIR variants with the course of lentivirus induced disease by next-generation sequencing.
Autoři: Zelníková, Jana ; Jílek, Petr (vedoucí práce) ; Červený, Lukáš (oponent)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2014
Jazyk: cze
Abstrakt: [cze] [eng]
Jana Zelníková Využití deep sequencing při studiu závislostí průběhu lentivirové infekce na variabilitě receptorů přirozené imunity Diplomová práce Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Farmacie Cíl práce: Cílem práce bylo zjistit za použití modelu SIV infekce u makaků, tedy jediném současném modelu HIV infekce u lidí, jak se liší dvě skupiny makaků rhesus infikovaných virem SIV239, nebo SHIV clade C s odlišnou virovou náloží, v expresi haplotypů MHC molekul I. třídy pomocí nové metody pyrosekvenování. Metody: Pomocí reverzní transkriptázy jsme vzorky RNA z leukocytů makaků převedli na cDNA a provedli jsme PCR pro úsek 190 bp MHC I. třídy s fúzními primery s identifikátory MID pomocí FastStart High Fidelity Taq DNA polymerázy. Dále jsme postupovali dle protokolu od GS Junior System a vzorky jsme pyrosekvenovali na přístroji GS Junior System (Roche). Získaná data jsme analyzovali sadou skriptů v jazyce Python použitím řady filtračních kroků a pomocí softwaru DNA Star LaserGene 11. Alely jsme identifikovali pomocí programu ncbi-blast+ 2.2.25. Výsledky: Nalezli jsme 98 známých a 11 nových alel MHC I. třídy. Analýzou jsme nalezli alely, u kterých předpokládáme rychlý, nebo pomalý průběh onemocnění SIV. Alely s pomalým průběhem onemocnění: Mamu - A1*004, A1*007, A1*019,... Jana Zelníková Analysis of association of MHC and KIR variants with the course of lentivirus induced disease by next-generation sequencing Thesis Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Farmacie Background: The aim of this work was to use the SIV infection in macaques (the only available model of human HIV infection) to show potential differences in MHC I haplotypes in macaques experimentally infected with SIVmac239 (or SHIV clade C) and their correlation with low or high viral loads, using pyrosequencing. Methods: The RNA samples from leukocytes from experimental macaques were reversely transcribed into cDNA and subjected to PCR of the 190 bp fragment of MHC I using fusion primers containing MIDs and FastStart High Fidelity Taq DNA polymerase. Subsequently the PCR generated samples were subjected to pyrosequencing using GS Junior System (Roche) according to the manufacturer`s protocol. The generated data were analyzed by a series of data filtration steps using scripts in Python and subsequently by DNAStar Lasergene 11. Final alleles were identified by ncbi-blast+ 2.25. Results: A total of 98 known aleles and 11 new aleles of MHC class I were found. The analysis identified those aleles, which correlate with fast or slow disease course. The aleles associated with slow...

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/67493

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-336627


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce