Název: Využití metody Hyb-Seq pro rekonstrukci retikulátní vnitrorodové fylogeneze: příklad z polyploidního rodu Curcuma L. (Zingiberaceae)
Překlad názvu: Application of Hyb-Seq method for reconstruction of reticulate infrageneric phylogeny: example from polyploid genus Curcuma L. (Zingiberaceae)
Autoři: Skopalíková, Jana ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Krak, Karol (oponent)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2017
Jazyk: cze
Abstrakt: [cze] [eng]
Tato diplomová práce se zabývá výzkumem fylogeneze hybridn polyploidního rodu Curcuma z eledi Zingiberaceae s využitím next-generation sekvenování, které umož uje získat stovky až tisíce jaderných lokus pro tvorbu fylogenetických strom , což se jeví jako vhodn jší p ístup oproti dosud hojn využívané cpDNA a ITS lokusu, zvlášt u hybridních a polyploidních skupin. K získání dat pro fylogenetické analýzy byla využita metoda Hybridization-based sequencing (Hyb-Seq), která kombinuje cílené obohacení (target enrichment) a m lké sekvenování (genome skimming). K analýze dat byla využita p edevším pipeline HybPhyloMaker specificky vyvinutá pro práci s Hyb-Seq daty. Bylo osekvenováno celkem 27 druh rodu Curcuma a t i druhy tvo ící outgroup. Fylogenetické stromy získané ze všech 1 154 a 811 vybraných jaderných low-copy gen vykazují vysoké podpory jednotlivých uzl , oproti tomu fylogeneze získané z celého chloroplastového genomu a rDNA cistronu jsou v n kterých v tvích podpo ené mén a vykazují inkongruence v topologii oproti strom m z jaderných low-copy gen . Fylogenetické sít vytvo ené z jaderných gen , lineage movement analýza a testy monofylie jsou ve shod s d íve publikovanou teorií o hybridním meziliniovém p vodu 3 druh - C. vamana, C. myanmarensis a C. roscoeana. Tyto metody také ukázaly pravd podobn... This master thesis focuses on the phylogeny of hybridogenous and polyploid genus Curcuma from family Zingiberaceae using Next-Generation Sequencing data from hundreds to thousands nuclear loci. This approach seems to be better than widely used cpDNA and ITS sequencing especially in the case of hybridogenous and polyploid groups. Data for phylogeny reconstruction were generated using Hybridization-based sequencing (Hyb-Seq) method which combines target enrichment and genome skimming strategies. Data analysis was performed primarily using pipeline HybPhyloMaker especially created for Hyb-Seq data analysis. Twenty-seven species from the genus Curcuma and three outgroup species were sequenced in this work. Phylogenetic trees based on all 1 154 and 811 selected nuclear low- copy genes show high support values of all nodes which is in contrast to plastome and rDNA phylogeny with lower support values in some nodes and incongruences in topology compared to low-copy genes phylogeny. Phylogenetic networks inferred from low-copy genes, lineage movement analysis and monophyly tests agree with published hypotheses of interlineage hybrid origin of three species - C. vamana, C. myanmarensis and C. roscoeana. These analyzes show likely hybrid origin of C. candida too with parents from the group Curcuma I and basal...
Klíčová slova: fylogeneze; Hyb-Seq; hybridizace; jaderné low-copy geny; kurkuma; next-generation sekvenování; plastom; polyploidie; ribozomální DNA; Hyb-Seq; hybridisation; next-generation sequencicng; nuclear low-copy genes; phylogeny; plastome; polyploidy; ribosomal DNA; turmeric

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/91288

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-367810


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce