Název: Zjišťování struktury pórotvorných kolicinů
Překlad názvu: Determination of the structure of pore-forming colicins
Autoři: Riedlová, Kamila ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Barvík, Ivan (oponent)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2017
Jazyk: cze
Abstrakt: [cze] [eng]
5 Abstrakt Cílem této práce bylo prozkoumat chování jednotlivých helixů z C-terminální pórotvorné domény (CTD) kolicinu U v lipidové membráně na atomární úrovni. K tomuto účelu byla využita metoda all-atom molekulových simulací (MD). Posléze byla práce rozšířena i na CTD publikovaných struktur dalších pórotvorných kolicinů. Na jejím základě se podařilo identifikovat u samostatných helixů H1 a H10 jejich schopnost narušit integritu lipidové membrány. Přičemž u helixu H1 po jeho provedené organické syntéze byla jeho aktivita experimentálně ověřena pomocí metody BLM. Ostatní helixy jsou většinou velmi krátké na to, aby se udržely samostatně napříč v membráně a jejich chování může být ještě více ovlivněné nepřirozenými konci, proto již syntetizovány nebyly. Z MD simulací dvojic po sobě jdoucích helixů vyplynulo, že jejich struktura nebo schopnost udržet se v membráně může velmi záviset na blízkých interakčních partnerech. Výsledky této práce odhalují důležitost helixu H10 CTD kolicinů pro stavbu póru, která se do této chvíle vůbec neuvažovala. Také podporují toroidní model stavby póru navržený pro kolicin E1. Z výsledků této práce vyplývá, že koliciny, tyto unikátní proteiny schopné výskytu v roztoku i v lipidové membráně, obsahují aminokyselinové sekvence s určitými sekundární strukturami, které jsou i jako... 6 Abstract This master's thesis provides study of individual helixes from C-terminal pore-forming domain (CTD) of colicin U and their behavior in lipid bilayer on atomic level. For this purpose the all-atom molecular simulation method was used. Later the study was extended an applied on CTD of published structures of other pore-forming colicins. On the base of study extension the ability of disruption of lipid bilayer integrity by helixes H1 and H10 was successfully observed. Helix H1 was synthesized and its activity was experimentally proved on black lipid membranes. The other helixes are often too short to be able to keep position in lipid bilayer and their behavior could be affected by artificial termini, therefore they were not synthesized. The MD simulations of pairs of helixes show that structure stability and their ability to stay in the membrane depends on binding partners. The results of the thesis show the importance of H10 for colicin pore-formation, which has not been observed yet. The results also support the toroidal pore model suggested previously for colicin E1. The results prove that colicins contain specific secondary structures, which are able to disrupt the inner bacterial membrane not only in its native form but also when artificially separated from the rest of the protein. Klíčová...
Klíčová slova: interakce proteinu s membránou; Pórotvorné koliciny; simulace molekulové dynamiky; topologie proteinů; Molecular dynamics simulations; Pore-Forming Colicins; Protein topology; Protein-Membrane Interaction

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/91954

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-368460


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce