host ::
| Hlavní stránka > Konferenční materiály > Příspěvky z konference > Protein fractionation and relative quantitation using PF 2D and ITRAQ for biomarker quest |
Název:
Protein fractionation and relative quantitation using PF 2D and ITRAQ for biomarker quest
Autoři: Gadher, S. J. ; Skalníková, Helena ; Halada, Petr ; Řehulka, Pavel ; Chmelík, Josef ; Kovářová, Hana
Typ dokumentu: Příspěvky z konference
Konference/Akce: 1st Central and Eastern European proteomic Conference and 3rd Czech Proteomic Conference, Praha (CZ), 2007-10-29 / 2007-10-31
Rok: 2007
Jazyk: eng
Abstrakt: ProteomeLab PF 2D System - Protein Fractionation in 2 Dimensions (Beckman Coulter, Fullerton, CA, USA) has been developed to fractionate complex protein mixtures by chromatofocusing in the first dimension followed by high-resolution non-porous silica reversed phase chromatography (RP LC) in the second dimension. Despite the high-resolution power of ProteomeLab PF 2D, UV-based quantitation could be compromised due to possible co-elution of several proteins into one fraction. Hence, we present an optimized protocol for application of isobaric tags for relative and absolute quantitation (iTRAQ) and MALDI-TOF/TOF mass spectrometry to obtain quantitative data from peptides derived by tryptic digestions of intact proteins fractionated by ProteomeLab PF 2D technique. To demonstrate the feasibility of such an approach, protein expression patterns obtained from the ProteomeLab PF 2D fractionation of human T-lymphoblastic leukemia CEM cell line were utilised.
Klíčová slova: protein fractionation; proteomics
Číslo projektu: CEZ:AV0Z50450515 (CEP), CEZ:AV0Z40310501 (CEP), CEZ:AV0Z50200510 (CEP), GA301/05/0418 (CEP), LC07017 (CEP)
Poskytovatel projektu: GA ČR, GA MŠk
Zdrojový dokument: 1st Central and Eastern European Proteomic Conference and 3rd Czech Proteomic Conference
Instituce: Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dokument je dostupný v příslušném ústavu Akademie věd ČR.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11104/0175379
Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-40462
Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Věda a výzkum > AV ČR > Ústav živočišné fyziologie a genetiky
Konferenční materiály > Příspěvky z konference
Autoři: Gadher, S. J. ; Skalníková, Helena ; Halada, Petr ; Řehulka, Pavel ; Chmelík, Josef ; Kovářová, Hana
Typ dokumentu: Příspěvky z konference
Konference/Akce: 1st Central and Eastern European proteomic Conference and 3rd Czech Proteomic Conference, Praha (CZ), 2007-10-29 / 2007-10-31
Rok: 2007
Jazyk: eng
Abstrakt: ProteomeLab PF 2D System - Protein Fractionation in 2 Dimensions (Beckman Coulter, Fullerton, CA, USA) has been developed to fractionate complex protein mixtures by chromatofocusing in the first dimension followed by high-resolution non-porous silica reversed phase chromatography (RP LC) in the second dimension. Despite the high-resolution power of ProteomeLab PF 2D, UV-based quantitation could be compromised due to possible co-elution of several proteins into one fraction. Hence, we present an optimized protocol for application of isobaric tags for relative and absolute quantitation (iTRAQ) and MALDI-TOF/TOF mass spectrometry to obtain quantitative data from peptides derived by tryptic digestions of intact proteins fractionated by ProteomeLab PF 2D technique. To demonstrate the feasibility of such an approach, protein expression patterns obtained from the ProteomeLab PF 2D fractionation of human T-lymphoblastic leukemia CEM cell line were utilised.
Klíčová slova: protein fractionation; proteomics
Číslo projektu: CEZ:AV0Z50450515 (CEP), CEZ:AV0Z40310501 (CEP), CEZ:AV0Z50200510 (CEP), GA301/05/0418 (CEP), LC07017 (CEP)
Poskytovatel projektu: GA ČR, GA MŠk
Zdrojový dokument: 1st Central and Eastern European Proteomic Conference and 3rd Czech Proteomic Conference
Instituce: Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dokument je dostupný v příslušném ústavu Akademie věd ČR.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11104/0175379
Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-40462
Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Věda a výzkum > AV ČR > Ústav živočišné fyziologie a genetiky
Konferenční materiály > Příspěvky z konference
Záznam vytvořen dne 2011-07-01, naposledy upraven 2024-01-26.