Biopharmaceuticals from the MS point of view
Hubálek, Martin; Lenčo, J.
2023 - Czech The course aims to introduce biotherapeutics, which are becoming an increasingly important part of the pharmacotherapy of serious diseases. Mass spectrometry plays an important role for their quality control in the pharmaceutical industry. We will introduce the audience to biopharmaceuticals, which in this context are peptides, proteins, monoclonal antibodies or oligonucleotides. From the analyst's point of view, we will focus mainly on antibody drugs, looking at the possibilities of their separation and analysis by mass spectrometry, at the level of intact protein molecules, antibody subunits or peptides. Kurz má za cíl představit bioléčiva, která se stávají stále významnější součástí farmakoterapie závažných onemocnění. Pro kontrolu jejich kvality ve farmaceutickém průmyslu hraje důležitou roli hmotnostní spektrometrie. Uvedeme posluchače do problematiky bioléčiv, kterými jsou v tomto pohledu peptidy, proteiny, monoklonální protilátky nebo oligonukleotidy. Z pohledu analytika se zaměříme především na protilátková léčiva, podíváme se na možnosti jejich separace a analýzy pomocí hmotnostní spektrometrie, a to na úrovni intaktních proteinových molekul, protilátkových podjednotek nebo peptidů. Keywords: mass spectrometry; biopharmaceuticals; LC-MS Available on request at various institutes of the ASCR Biopharmaceuticals from the MS point of view

The course aims to introduce biotherapeutics, which are becoming an increasingly important part of the pharmacotherapy of serious diseases. Mass spectrometry plays an important role for their quality ...

Hubálek, Martin; Lenčo, J.
Ústav organické chemie a biochemie, 2023

Fundamentals of proteomics
Harant, K.; Křenková, Alena
2023 - Czech The first part of the course will be an introduction to proteomics with the aim to show current methods and tools used for proteomic data acquisition and evaluation. In the first part, we will discuss in abbreviated form all steps of the experimental procedure from 1) designing the experiment to be suitable for subsequent LC/MS analysis, 2) sample preparation using examples of immunoprecipitation and complex lysate, to 3) measurement options using Data Dependent or Data Independent acquisition. The course will also include a critical evaluation of the quality of the measured data. The evaluation will focus on the possibilities of data processing in freeware software such as MaxQuant and DIAnn. We will also briefly introduce you to commercial programs - Proteome Discoverer, PEAKS, Spectronaut. The second part of the course will include an introduction to statistical processing of quantitative proteomic data in Perseus software. Emphasis will be placed on understanding important statistical concepts (data distribution, t-test, ANOVA, p-value, FDR, etc.) and understanding all necessary steps of statistical analysis such as data filtering, data normalization, statistical testing, etc. There will be model data that participants will process during the course. Náplní první části kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. V první části probereme ve zkrácené formě všechny kroky experimentálního postupu od 1) designu experimentu tak, aby byl vhodný pro následnou LC/MS analýzu, 2) přípravy vzorku na příkladech imunoprecipitace a komplexního lyzátu až po 3) možnosti měření pomocí Data Dependent nebo Data Independent acquisition. Součástí kurzu bude i kritické hodnocení kvality naměřených dat. Při vyhodnocení se zaměříme na možnosti zpracování dat ve freeware SW typu MaxQuant a DIAnn. Rovněž Vás stručně seznámíme s komerčními programy – Proteome Discoverer, PEAKS, Spectronaut. Druhá část kurzu bude zahrnovat úvod do statistického zpracování kvantitativních proteomických dat v softwaru Perseus. Důraz bude kladen na pochopení důležitých statistických pojmů (distribuce dat, t-test, ANOVA, p-value, FDR, atd.) a porozumění všem nezbytným krokům statistické analýzy, jako je filtrace dat, normalizace dat, statistické testování, apod. K dispozici budou modelová data, která budou účastníci v rámci kurzu zpracovávat. Keywords: mass spectrometry; proteomics; data analysis Available on request at various institutes of the ASCR Fundamentals of proteomics

The first part of the course will be an introduction to proteomics with the aim to show current methods and tools used for proteomic data acquisition and evaluation. In the first part, we will discuss ...

Harant, K.; Křenková, Alena
Ústav organické chemie a biochemie, 2023

EI spectra interpretation
Polášek, Miroslav
2023 - Czech Introduction to the interpretation of mass spectra. Basic mechanisms of fragmentation reactions in electron ionization. An intensive exercise on selected examples of mass spectra of electron ionization of different classes of organic compounds, which will be carried out in the spirit of the elementary didactic principle of progression from simple to complex with maximum emphasis on the independent work of the participants.\n\n Úvod do problematiky interpretace hmotnostních spekter. Základní mechanizmy fragmentačních reakcí při elektronové ionizaci. Intenzivní cvičení na vybraných příkladech hmotnostních spekter elektronové ionizace různých tříd organických sloučenin, které bude probíhat v duchu elementární didaktické zásady postupu od jednoduchého ke složitějšímu s maximálním důrazem na samostatnou práci účastníků. Keywords: mass spectrometry; EI; data analysis Available at various institutes of the ASCR EI spectra interpretation

Introduction to the interpretation of mass spectra. Basic mechanisms of fragmentation reactions in electron ionization. An intensive exercise on selected examples of mass spectra of electron ...

Polášek, Miroslav
Ústav organické chemie a biochemie, 2023

Hmotnostně spektrometrické zobrazování
Vrkoslav, Vladimír; Strnad, Štěpán; Kučera, L.
2022 - Czech Available at various institutes of the ASCR Hmotnostně spektrometrické zobrazování

Vrkoslav, Vladimír; Strnad, Štěpán; Kučera, L.
Ústav organické chemie a biochemie, 2022

Proteomics for beginners
Hubálek, Martin; Vrbacký, M.; Křenková, Alena
2022 - Czech Proteomic tutorial for the beginners will summarise and present current methods to analyse and evaluate proteomic samples. The tutorial will be divided into two parts. The first part will focus on data accquisition process and interpretation of spectra. The second part will focus on protein quantification. Náplní kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. Ve dvou na sebe navazujících částech kurzu budeme\nklást důraz na interpretaci proteomických spekter, pochopení principů identifikace peptidů a proteinů a kvantifikační postupy. Na praktických příkladech vysvětlíme De-novo sekvenaci peptidů a použití volně dostupných programů MaxQuant a Perseus na identifikaci, kvantifikaci a vizualizaci dat. Keywords: mass spectrometry; proteins; peptides Available at various institutes of the ASCR Proteomics for beginners

Proteomic tutorial for the beginners will summarise and present current methods to analyse and evaluate proteomic samples. The tutorial will be divided into two parts. The first part will focus on ...

Hubálek, Martin; Vrbacký, M.; Křenková, Alena
Ústav organické chemie a biochemie, 2022

Mass spectrometry imaging
Vrkoslav, Vladimír; Strnad, Štěpán; Kučera, L.
2022 - Czech The course will focus on MALDI mass spectrometry imaging. Knowledge and procedures of sample preparation, matrix application, measurement, and evaluation of MALDI MSI will be summarized. The first part will be followed by a block dedicated to the practical experience of MALDI MSI of lipids,metabolites, and other analytes on tissue sections and other planar surfaces. We will also explain MSI by other ionization techniques (DESI, DAPPI, LAESI, etc.) Těžiště kurzu bude v MALDI hmotnostním zobrazování. V první části budou shrnuty poznatky a postupy přípravy vzorků, nanášení matrice, měření a vyhodnocováním MALDI MSI analýz. Následovat bude blok věnovaný praktickým zkušenostem MALDI MSI lipidů, metabolitů a dalších analytů na tkáňových řezech a jiných planárních površích. Závěr bude věnován molekulovému zobrazování s využitím dalších používaných ionizačních technik (DESI, DAPPI, LAESI, atd.). Keywords: MALDI - MSI; DESI; sample preparation Available at various institutes of the ASCR Mass spectrometry imaging

The course will focus on MALDI mass spectrometry imaging. Knowledge and procedures of sample preparation, matrix application, measurement, and evaluation of MALDI MSI will be summarized. The first ...

Vrkoslav, Vladimír; Strnad, Štěpán; Kučera, L.
Ústav organické chemie a biochemie, 2022

Localization of double and triple donds positions in fatty acids methylesters by HPLC/APCI-MS2
Horká, Petra; Vrkoslav, Vladimír; Cvačka, Josef
2019 - Czech Poloha a počet dvojných vazeb v alifatickém řetězci ovlivňuje fyzikální, chemické a biologické vlastnosti lipidů, avšak jednoznačné určení poloh těchto násobných vazeb je problematické. V roce 2012 byla publikována metoda kapalinové chromatografie s chemickou ionizací za atmosférického tlaku s hmotnostní detekcí (HPLC/APCI-MS) [1] vhodná pro analýzu polohy dvojných vazeb využívající tvorby molekulových aduktů [M + C3H5N]+. při APCI za přítomnosti acetonitrilu. Methylestery mastných kyselin (FAMEs) byly analyzovány HPLC/APCI-MS2 se 100% acetonitrilem jako mobilní fází. Při APCI docházelo v plynné fázi k tvorbě reaktivních částic, vznikajících ze složek mobilní fáze, které se vázaly na násobné vazby v alifatickém řetězci FAMEs za vzniku aduktu [M + C3H5N]+.. Kolizně indukovanou disociací (CID) aduktu [M + C3H5N]+., se získaly diagnostické fragmenty určující polohu (polohy) násobných vazeb. Zmíněná metoda byla evaluována pro běžně analyzované polynenasycené FAMEs s tradiční polohu dvojných vazeb (methylene-interrupted). Keywords: acetonitrile-related adducts; multiple bond localization Available at various institutes of the ASCR Localization of double and triple donds positions in fatty acids methylesters by HPLC/APCI-MS2

Poloha a počet dvojných vazeb v alifatickém řetězci ovlivňuje fyzikální, chemické a biologické vlastnosti lipidů, avšak jednoznačné určení poloh těchto násobných vazeb je problematické. V roce 2012 ...

Horká, Petra; Vrkoslav, Vladimír; Cvačka, Josef
Ústav organické chemie a biochemie, 2019

Fotoionizace a fotoaktivace v MS
Cvačka, Josef
2019 - Czech Keywords: photoionization; photoactivation; mass spectrometry Available at various institutes of the ASCR Fotoionizace a fotoaktivace v MS

Cvačka, Josef
Ústav organické chemie a biochemie, 2019

Využití tenkovrstvé chromatografie v analýze lipidů
Cvačka, Josef
2019 - Czech Keywords: TLC; lipids analysis Available at various institutes of the ASCR Využití tenkovrstvé chromatografie v analýze lipidů

Cvačka, Josef
Ústav organické chemie a biochemie, 2019

Úvod do vysokorozlišující MS
Cvačka, Josef
2019 - Czech Keywords: mass spectrometry Available at various institutes of the ASCR Úvod do vysokorozlišující MS

Cvačka, Josef
Ústav organické chemie a biochemie, 2019