No (13)
Yes (4)
Used filters
(2)
Number of found documents:
17
Published from
to
Influence of sampling and fixation on measuring of genome size
Halačka, Karel; Vetešník, Lukáš; Fedorčák, J.; Koščo, J.
2019 - Czech
Assessment of genome size is an important aspect of many modern studies on fish. Blood is the most common DNA source in fish studies due to its relative ease of sampling and processing. Fish blood, however, precipitates rapidly, leading to clotting. Consequently, anticoagulants (primarily heparin) are added at the time of sampling. Using of increasing heparin concentrations resulted in notable increases in fish erythrocyte genome size readings compared to a non-heparinised control. The differences observed were highly significant, suggesting that the results of previous comparative studies or those determining individual polyploidy may need reinterpretation. Hodnota velikosti genomu je důležitý aspekt v mnoha moderních studiích ryb. Vzhledem k relativně snadnému získání a zpracování je pro tyto účely často používána krev. Ta se však u ryb snadno sráží, a proto se obvykle používá heparin jako antikoagulant. Ukazuje se však, že přidání heparinu má za následek i zvýšení měřených hodnot při měření pomocí průtokového cytometru. Zjištěné rozdíly byly vysoce významné a lze proto doporučit vyloučení heparinu nebo korekci získaných hodnot.
Keywords:
genome size; flow cytometry; fixation
Available at various institutes of the ASCR
Influence of sampling and fixation on measuring of genome size
Assessment of genome size is an important aspect of many modern studies on fish. Blood is the most common DNA source in fish studies due to its relative ease of sampling and processing. Fish blood, ...
Preparation and storage of fish samples for flow cytometry
Halačka, Karel; Vetešník, Lukáš; Mareš, J.
2018 - Czech
Flow cytometry enabling rapid measurement of cellular DNA content has been widely used in ichthyology and fishery practice. The aim of the methodology is to contribute to optimization of work on the flow cytometer by helping with the selection, sampling and possibilities of fixation of analyzed tissue and interpretation of obtained data. The target group are people from fishery companies and ichthyologists dealing with the problem of the fish population structure in free water. During the sampling and analyzing of samples problem can be limited availability of fixative and techniques as well as analyzes of material not originally retained for the purpose of ploidy determination. Typical examples are temporary usable or archive preparations, museum material, etc. For the verification were preferred representatives of polyploid complexes or economically exploited species with a known existence of polyploid individuals. Průtoková cytometrie umožňující rychlé měření obsahu DNA buněk našla široké využití v ichtyologii i rybářské praxi. Cílem metodiky je přispět k optimalizaci práce na průtokovém cytometru a to pomocí při výběru, odběru a možností fixace analyzovaná tkáně a interpretace získaných dat. Cílovou skupinou dané metodiky jsou zejména osoby z rybářské praxe a ichtyologové zabývající se problematikou populační struktury ryb ve volných vodách, s čímž souvisí i například omezená možnost fixačních prostředků a technik, případně snaha analýz materiálu původně neuchovaného pro účely stanovení ploidie (dočasné pracovní či archivní preparáty, muzejní materiál, atd.). Při výběru druhů k ověření byly preferovány představitelé polyploidních komplexů či hospodářsky využívané druhy se známou existencí polyploidních jedinců.
Keywords:
Fish farming; DNA analyses; erythrocytes
Fulltext is available at external website.
Preparation and storage of fish samples for flow cytometry
Flow cytometry enabling rapid measurement of cellular DNA content has been widely used in ichthyology and fishery practice. The aim of the methodology is to contribute to optimization of work on the ...
Utilization of polymerase chain reaction, PCR-RFLP technique and sequence analysis for determination of homozygotes, intraspecific heterozygotes and interspecific hybrids of the genus Salvelinus in breeding facilities
Mendel, Jan; Halačka, Karel; Mareš, J.
2017 - Czech
The methodology provides relevant information and reliable instruments for determination of the most frequently bred fish of the genus Salvelinus in the Czech Republic and in European countries. It includes the optimized process of identification of four species (Salvelinus fontinalis, Salvelinus alpinus, Salvelinus umbla, Salvelinus namaycush) in the homozygous and heterozygous state and in their hybrid combinations. The methodology describes the present situation in identification of the above mentioned fish species in the Czech Republic including its drawbacks and at the same time proposes a new and reliable solution utilizing polymerase chain reaction, PCR-RFLP restriction technique and sequencing. Visualization and separation of diagnostic fragments is performed either on agarose gel or on the Fragment AnalyzerTM. Cílem metodiky je poskytnout relevantní informace a spolehlivé nástroje k determinaci nejčastěji chovaných ryb rodu Salvelinus v ČR a v evropských státech. Metodika obsahuje optimalizovaný postup identifikace čtyř druhů (Salvelinus fontinalis, Salvelinus alpinus, Salvelinus umbla, Salvelinus namaycush) v homozygotním i heterozygotním stavu a v jejich hybridních kombinacích. Metodika popisuje aktuální stav identifikace uvedených druhů ryb v ČR včetně jejich nedostatků a současně navrhuje nové a spolehlivé řešení s využitím polymerázové řetězové reakce, restrikční techniky PCR-RFLP a sekvenace. Vizualizace a separace fragmentů je prováděna buď na agarózovém gelu anebo na přístroji Fragment AnalyzerTM.
Keywords:
Salvelinus; PCR-RFLP technique; breeding facilities
Fulltext is available at external website.
Utilization of polymerase chain reaction, PCR-RFLP technique and sequence analysis for determination of homozygotes, intraspecific heterozygotes and interspecific hybrids of the genus Salvelinus in breeding facilities
The methodology provides relevant information and reliable instruments for determination of the most frequently bred fish of the genus Salvelinus in the Czech Republic and in European countries. It ...
Methodology to rodent species density monitoring in forest environment
Homolka, Miloslav; Zejda, Jan; Heroldová, Marta; Kamler, Jiří
2012 - Czech
This methodology provides us with instruction how to monitor rodent densities in forest environment and is concentrated on the species causing damage to broad-leaved forest plantings. Principle presumption for effective plantings protection control is to know rodent’s population density. Basic ecological informations about the target species are also included. This methodology book contribute to better understanding of young tree damage origin in broader connections and contribute to more effective input on damage prevention. Methodology is addressed above all to forest practices workers. Metodika poskytuje návod na provádění monitoringu početnosti hlodavců v lesním prostředí se zaměřením na druhy, které způsobují škody na výsadbě listnatých dřevin. Data o početnosti hlodavců jsou základním předpokladem pro racionální opatření na ochranu výsadeb. Metodika je doplněna základními daty o ekologii cílových druhů. Příručka přispívá k porozumění problematiky vzniku poškození stromků v širších souvislostech a může přispět k efektivnímu vynakládání prostředků na prevenci škod. Metodika je určena především pro pracovníky v lesnické praxi.
Keywords:
rodents; young tree damage
Available at various institutes of the ASCR
Methodology to rodent species density monitoring in forest environment
This methodology provides us with instruction how to monitor rodent densities in forest environment and is concentrated on the species causing damage to broad-leaved forest plantings. Principle ...
Methodology to rodent bark damage assessment on forest regeneration
Homolka, Miloslav; Zejda, Jan; Heroldová, Marta; Kamler, Jiří
2012 - Czech
This methodology provides us with instructions, how to estimate extent of bark damage by gnawing caused by rodents on forest plantings based on a simple criterions. Data obtained may be used for objective assessment of rodent origin tree damage extent and its total value calculation. Exact data on tree damage can be used as a back coupling for damage prevention effectiveness. Relation between the rodent damage prevention costs and damaged area replanting costs may be retrospectively considered. Metodika poskytuje návod, jak na základě jednoduchých kritérií odhadovat rozsah ohryzu kůry, který působí hlodavci ve výsadbách listnatých dřevin. Získaná data lze využít pro objektivní zjišťování rozsahu poškození stromků i pro vyčíslování škod, které tím hlodavci působí. Exaktní data o ohryzu kůry mohou být využita jako zpětná vazba pro ověřování účinnosti opatření podniknutá na ochranu kultur před hlodavci i pro racionální posuzování vztahu mezi náklady vynaloženými na ochranu kultur a náklady na dosadbu poškozených porostů.
Keywords:
rodents; tree damage; forest regeneration
Available at various institutes of the ASCR
Methodology to rodent bark damage assessment on forest regeneration
This methodology provides us with instructions, how to estimate extent of bark damage by gnawing caused by rodents on forest plantings based on a simple criterions. Data obtained may be used for ...
Methodology to assesment the amount of compensation of otter damages
Poledníková, K.; Poledník, L.; Hlaváč, V.; Maštera, J.; Mináriková, T.; Rešl, D.; Tomášková, L.; Šíma, J.; Toman, A.; Pacovská, M.; Kameníková, M.; Beňová, M.; Kratochvílová, M.; Beran, V.; Kadlečíková, Z.; Růžičková, O.; Hájková, Petra
2010 - Czech
Methodology for determining the amount of compensation of damages caused by Eurasian otter describes exact procedure to evaluate this damages, including calculation examples, and sets procedures for experts compiling the report on how to proceed in field examination. Methodology is possible to use for expert reports by course of Law No. 115/2000. Metodika stanovení výše náhrad škod způsobených vydrou říční na rybích obsádkách v rybnících popisuje přesný postup pro výpočet výše náhrad těchto škod včetně ukázky konkrétních příkladů a stanovuje postup při terénním šetření pro zpracovatele posudků. Je využitelná při zpracování odborných posudků k prokázání výše škody ve smyslu zákona č. 115/2000 Sb.
Keywords:
Eurasian otter; economic damage
Available at various institutes of the ASCR
Methodology to assesment the amount of compensation of otter damages
Methodology for determining the amount of compensation of damages caused by Eurasian otter describes exact procedure to evaluate this damages, including calculation examples, and sets procedures for ...
Utilization of a noninvasive genetic methodology for the research on population parameters of waterfowl
Kreisinger, J.; Albrecht, Tomáš; Čížková, Dagmar; Javůrková, V.; Munclinger, P.; Stopka, P.
2010 - Czech
In this contribution a novel method of obtaining genetic material (DNA) from waterfowl nests using non-invasive approach is briefly described and discussed. Pilot project on Mallards (Anas platyrhynchos) showed that the proposed methodological approach can be used to gather data on basic breeding population parameters, including the frequency of renesting, philopatry, or inter-annual dispersion of individuals. Compared with the more traditional approaches of population biology (e.g., direct trapping of birds, individual marking of individuals by rings etc.) the great advantage of the method proposed is its easy application in the field, leading to more effective sampling of entire populations of focal species at large spatial scales. Last but not least, the non-invasive sampling minimizes the disturbance of breeding individuals. Tato publikace představuje metodiku založenou na neinvazivním sběru genetického materiálu z hnízd vrubozobých ptáků (Anseriformes). Pilotní projekt provedený na kachně divoké (Anas platyrhynchos) potvrdil, že tento přístup je vhodný ke stanovení některých parametrů hnízdních populací vrubozobých ptáků jako je například frekvence náhradního hnízdění, míra filopatrie a meziroční disperze. Výhodou oproti klasickým přístupům založeným na přímém odchytu, individuálním značení a cíleném sledování následných reprodukčních pokusů je menší časová a technická náročnost, což vede k podstatně efektivnějšímu samplování cílové populace. Nezanedbatelná není ani nižší disturbance hnízdících ptáků.
Keywords:
conservation genetics; population genetics
Available at various institutes of the ASCR
Utilization of a noninvasive genetic methodology for the research on population parameters of waterfowl
In this contribution a novel method of obtaining genetic material (DNA) from waterfowl nests using non-invasive approach is briefly described and discussed. Pilot project on Mallards (Anas ...
NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web
Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz
Provider
Other bases