Vertical Collembola distribution in spruce and beech forest soils
Jínová, Kristýna
2009 - anglický Vertical stratification of Collembola was investigated in beech and spruce forest soils on the Kleť Mountain (Blanský les Protected Landscape Area, South Bohemia, Czech Republic). The aim of the study was to describe the collembolan distribution among the horizons in the present beech and spruce forest soils and to find out which species were dominant in the individual soil layers. Ten soil samples (each of 10 cm.sup.2./sup., 15 cm deep) were collected in beech and spruce forest on the Kleť Mt. in December 2004. They were divided into 5 sub-samples: litter + 0-1 cm of soil; 1-2, 2-5, 5-10, and 10-15 cm and extracted separately in high-gradient Tullgren apparatus. In total, 40 species were found at both sites (31 in the beech and 28 in the spruce forest). The highest number of species was found in the upper layer (litter layer + 0-1 cm) of soil, 84 % of species in the beech forest and 64 % in the spruce forest. Klíčová slova: Collembola; vertical distribution; beech forest Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Vertical Collembola distribution in spruce and beech forest soils

Vertical stratification of Collembola was investigated in beech and spruce forest soils on the Kleť Mountain (Blanský les Protected Landscape Area, South Bohemia, Czech Republic). The aim of the study ...

Jínová, Kristýna
Biologické centrum, 2009

Seasonal development and vertical distribution of soil rotifer populations in South-Bohemian beech forest
Devetter, Miloslav
2009 - anglický The soil rotifer community in a climax beech forest in South Bohemia was investigated during 2005 focusing on seasonal and vertical distribution changes. Samples 10 cm.sup.2./sup. large and 10 cm in depth were divided into 5 layers, which were processed separately. Altogether 31 rotifer species were determined during the investigation, of these 9 species were monogononts, while the rest were bdelloids. The most important species were .i.Encentrum arvicola, Wierzejskiella vagneri./i. among the monogononts and .i.Adineta steineri, Ceratotrocha cornigera, Habrotrocha filum, H. ligula, Macrotrachela plicata, Mniobia tentans, M. incrassata, M. granulosa./i. among the bdelloids. Mean Shannon diversity index varied from 1.99 to 2.63. Total rotifer abundance varied from 212 (± 63) to 513 (± 127) 10.sup.3./sup. ind. m.sup.-2./sup. year-round, with the highest numbers found in May, while the lowest were in July. Klíčová slova: soil; rotifer community; bdelloids Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Seasonal development and vertical distribution of soil rotifer populations in South-Bohemian beech forest

The soil rotifer community in a climax beech forest in South Bohemia was investigated during 2005 focusing on seasonal and vertical distribution changes. Samples 10 cm.sup.2./sup. large and 10 cm in ...

Devetter, Miloslav
Biologické centrum, 2009

Kultivace bakterií z netopýřího guána
Petrásek, Jiří; Elhottová, Dana; Krištůfek, Václav; Kováč, L.
2009 - český Netopýří guano představuje důležitý zdroj organických látek v oligotrofních jeskyních. Vysoký obsah chitinu, který pochází z nestrávených zbytků těl hmyzu v potravě netopýrů, způsobuje, že se guano rozkládá velmi pomalu. V průběhu času se v blízkosti netopýřích kolonií vytváří kopy guana staré i několik stovek let. Netopýří guano tak představuje unikátní prostředí, ve kterém panují specifické podmínky a tomu odpovídá také složení bakteriálního společenstva. V rámci této studie byla plotnovou metodou pomocí šesti kultivačních médií sledována bakteriální společenstva guana z jeskyně Domica a z Ardovské jeskyně (NP Slovenský kras). Celkové počty kultivovatelných aerobních bakterií v guanu byly hodnoceny pomocí růstu na zpevněném komplexním médiu TSBA (Becton & Dickinson). Celkové počty kultivovatelných anaerobních bakterií byly sledovány pomocí DifcoTM Anaerobic Agar (Becton & Dickinson) a krevního agarového média (Shadler + 5% beranní krev, Oxoid). The bat guano represents an important source of organic matter in the oligotrophic caves. The high content of chitin from the remains of digested insect in bat diet causes the slow decomposition of the guano. The bat guano deposits can be auccumulated near the bat colonies during hundreds of years. The bat guano represents unique environment with specific conditions and appropriate composition of bacterial community. In this study, the bacterial communities of the guano from Domica and Ardovská Caves (NP Slovak Karst) were investigated using plate method with six different growing media. Total numbers of cultivable aerobic bacteria in guano were determined on the solid complex medium TSBA (Becton & Dickinson]. Total numbers of cultivable anaerobic bacteria were determined on the DifcoTM Anaerobic agar and blood agar (Schaedler agar with 5% sheep blood). Klíčová slova: caves; bat guano; bacteria Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Kultivace bakterií z netopýřího guána

Netopýří guano představuje důležitý zdroj organických látek v oligotrofních jeskyních. Vysoký obsah chitinu, který pochází z nestrávených zbytků těl hmyzu v potravě netopýrů, způsobuje, že se guano ...

Petrásek, Jiří; Elhottová, Dana; Krištůfek, Václav; Kováč, L.
Biologické centrum, 2009

Detekce mikroorganismů v půdě metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)
Krištůfek, Václav; Kasalický, Vojtěch; Chroňáková, Alica; Elhottová, Dana; Němec, Jan
2009 - český Pro detekci půdních mikroorganismů byla na pracovišti Ústavu půdní biologie zavedena metoda CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization). CARD-FISH je relativně nová molekulární metoda pro zjištění podílu jednotlivých skupin mikroorganismů pomocí oligonukleotidových sond. Oproti klasické metodě FISH využívá enzymatické aktivity k zesílení signálu a tím umožňuje výrazně kvalitnější detekci mikroorganismů v půdě nebo organických substrátech. Metodou bylo poprvé sledováno složení bakteriálního společenstva datované vrstvy kupy netopýřího guána z jeskyně Domica (NP Slovenský kras). Bylo stanoveno procentické zastoupení těchto skupin mikroorganismů: bakterie (většina bakterií, .i.Planktomycetales, Verrucomicrobiales./i.), archaea, actinobacteria, proteobacteria, .i.Cytophaga-Flavobacter./i.-Bacteroidetes, sfingobacteria. CARD-FISH protocol (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization) for detection of soil microbial community composition was successfully established in the Institute of Soil Biology. CARD-FISH is the relatively new molecular biology tool permitting to quantify distinct groups of microorganisms by hybridization of specific oligonucleotide probes. Compared to classic FISH-protocol the probe-attached enzyme amplifies the fluorescent signal and enables to detect nearly all microorganisms in soil or in organic compounds. As the first, we used this method to determine the bacterial community composition of a dated layer of guano-heap from Domica Cave (Slovak Carst National Park, Slovakia). We quantified the percentuel composition of Archaea, Eubacteria (.i.Planktomycetales, Verrucomicrobiales./i. included) and major bacterial groups (Actinobacteria, proteobacteria, .i.Cytophaga-Flavobacter./i.-Bacteroidetes, Sphingobacteria). Klíčová slova: cave; bat guano; fluorescence microscopy Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Detekce mikroorganismů v půdě metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)

Pro detekci půdních mikroorganismů byla na pracovišti Ústavu půdní biologie zavedena metoda CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization). CARD-FISH je relativně nová ...

Krištůfek, Václav; Kasalický, Vojtěch; Chroňáková, Alica; Elhottová, Dana; Němec, Jan
Biologické centrum, 2009

Dlouhodobý ekologický výzkum jezer a nádrží – k čemu je dobrý?
Straškrábová, Viera
2009 - český Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Dlouhodobý ekologický výzkum jezer a nádrží – k čemu je dobrý?

Straškrábová, Viera
Biologické centrum, 2009

Monitorování rybích obsádek údolních nádrží v České republice – výsledky prvního roku sledování
Peterka, Jiří; Čech, Martin; Frouzová, Jaroslava; Draštík, Vladislav; Vašek, Mojmír; Prchalová, Marie; Matěna, Josef; Kubečka, Jan; Jůza, Tomáš; Kratochvíl, Michal
2009 - český Klíčová slova: water framework directive; fish communities; trophic status Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Monitorování rybích obsádek údolních nádrží v České republice – výsledky prvního roku sledování

Peterka, Jiří; Čech, Martin; Frouzová, Jaroslava; Draštík, Vladislav; Vašek, Mojmír; Prchalová, Marie; Matěna, Josef; Kubečka, Jan; Jůza, Tomáš; Kratochvíl, Michal
Biologické centrum, 2009

Cultivated and wild growing forage crops – reservoirs of viruses and phytoplasmas
Fránová, Jana; Petrzik, Karel; Jakešová, H.; Bečková, M.; Sarkisova, Tatiana
2009 - anglický Symptoms of mosaic, yellowing/reddening, phyllody, necrosis and dwarf have been observed in cultivated as well as wild growing forage crops. Red clover mottle virus (RCMV, Comovirus), clover yellow vein virus (Potyvirus), potato virus X, white clover mosaic virus (WClMV, Potexvirus), alfalfa latent and pea streak viruses (Carlavirus), new members of genus Cytorhabdovirus and Carlavirus were identified by sequencing. Bacilliform particles (ca 213 – 533 nm by 44 – 58 nm) of the genus Cytorhabdovirus, WClMV, alfalfa mosaic virus (Alfamovirus) and particles resembling members of the genus Badnavirus were observed on negatively stained preparations and ultrathin sections by electron microscopy and mechanically transmitted to host plants. WClMV, RCMV, bean yellow mosaic virus and new member of Potyviridae family were determined in wild growing plants. The occurrence of phytoplasmas belonging to different 16S ribosomal subgroups was confirmed (16SrI-B, 16SrI-C, 16SrX-A, 16SrXII-A). Klíčová slova: symptoms; electron microscopy; biological and molecular identification Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Cultivated and wild growing forage crops – reservoirs of viruses and phytoplasmas

Symptoms of mosaic, yellowing/reddening, phyllody, necrosis and dwarf have been observed in cultivated as well as wild growing forage crops. Red clover mottle virus (RCMV, Comovirus), clover yellow ...

Fránová, Jana; Petrzik, Karel; Jakešová, H.; Bečková, M.; Sarkisova, Tatiana
Biologické centrum, 2009

Přísun a transformace znečištění v podélném profilu vltavského ramene nádrže Orlík
Nedoma, Jiří; Šimek, Karel; Hejzlar, Josef
2009 - český Ve vltavském rameni Orlíka je v přítoku řeky do nádrže opakovaně nalézána nejvyšší koncentrace nejen živin (zejména fosforu), ale také největší množství bakterií, řas a sinic. Tyto parametry se podél vltavského ramene směrem k hrázi snižují, což indikuje významnou samočisticí schopnost nádrže. Problémem však je, že (1) přísun fosforu a biomasy je tak vysoký, že bez jejich významného snížení opatřeními v povodí řek Vltavy a Lužnice nelze docílit zlepšení kvality vody v hlavním tělese nádrže, a navíc (2) odstraněný fosfor končí v sedimentech odkud se v budoucnu může uvolňovat. In the Vltava inflow to the Orlík reservoir there are recurrently detected not only highest phosphorus concentrations, but also largest amount of bacteria, algae and cyanobacteria. These parameters showed a downstream decreasing trend indicating efficient self-purification processes. However, the key reservoir problem is the fact that (1) the current phosphorus and biomass loads in the inflow river are so high that without their effective reduction in the Vltava and Lužnice watersheds no real improvement in water quality in the main reservoir body can be expected and, moreover, (2) phosphorus accumulating in sediments could release. Klíčová slova: phosphorus; reservoir remediation; microbial activity Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Přísun a transformace znečištění v podélném profilu vltavského ramene nádrže Orlík

Ve vltavském rameni Orlíka je v přítoku řeky do nádrže opakovaně nalézána nejvyšší koncentrace nejen živin (zejména fosforu), ale také největší množství bakterií, řas a sinic. Tyto parametry se ...

Nedoma, Jiří; Šimek, Karel; Hejzlar, Josef
Biologické centrum, 2009

Ochrana brouků vázaných na staré stromy
Vodka, Štěpán; Čížek, Lukáš
2009 - český Klíčová slova: old trees Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Ochrana brouků vázaných na staré stromy

Vodka, Štěpán; Čížek, Lukáš
Biologické centrum, 2009

Změny mikrobiálního společenstva způsobené pasáží trávicím traktem žížal
Němcová, Anna; Pižl, Václav; Elhottová, Dana
2009 - český Selektivní vliv podmínek trávicího traktu žížal se podílí na redukci nebo stimulaci různých mikrobiálních skupin. Pasáž půdy zažívacím traktem žížaly obecně podporuje zvýšení celkové aktivní mikrobiální biomasy. Počet kultivovatelných bakterií přítomných ve střevě žížaly průkazně nevzrůstá ve srovnání s okolním půdním prostředím, ale dochází ke změnám v druhové bohatosti. Obvykle se během pasáže částečně mění také zastoupení mikrobiálních skupin. Pasáž trávicím traktem a exkrece do půdy může dlouhodobě ovlivnit i funkci významných mikrobiálních skupin. Cílem příspěvku je shrnout přehled kvantitativních a kvalitativních charakteristik doprovodné mikroflóry těchto významných zástupců půdní makrofauny. Selective effect of earthworm gut conditions is participating in the reduction or stimulation of individual microbial groups. In general, the passage through the earthworm digestive tract leads to an increase of total active microbial biomass. The numbers of cultivable bacteria present in earthworm gut are not shifted significantly in comparison with surrounding environment but their species richness changes. Usually some bacterial groups are partially changed during the passage. The long-lasting effect of the passage and animal excretion into the soil can involve the function of important microbial groups. The aim of this study was to summarize current knowledge about both quantitative and qualitative characteristics of the microflora connected with these significant representatives of soil macrofauna. Klíčová slova: cultivable bacteria; earthworm digestive tract Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Změny mikrobiálního společenstva způsobené pasáží trávicím traktem žížal

Selektivní vliv podmínek trávicího traktu žížal se podílí na redukci nebo stimulaci různých mikrobiálních skupin. Pasáž půdy zažívacím traktem žížaly obecně podporuje zvýšení celkové aktivní ...

Němcová, Anna; Pižl, Václav; Elhottová, Dana
Biologické centrum, 2009