Vnímavost plemen kapra obecného k onemocnění způsobenému kapřím edémovým virem
BALOCH, Ali Asghar
2023 - English Nemoci ryb se týkají jakéhokoli stavu, který ovlivňuje zdraví a pohodu ryb, ať už ve volné přírodě, nebo v zajetí. Ryby jsou náchylné k různým onemocněním způsobeným bakteriemi, viry, plísněmi, parazity a dalšími patogeny. Výskyt a závažnost těchto onemocnění se značně liší v závislosti na druhu ryb, podmínkách prostředí a způsobech chovu. Ryby mají složitý imunitní systém, který jim umožňuje reagovat na různé choroby. Jejich imunitní systém zahrnuje jak vrozené, tak adaptivní reakce, které spolupracují na jejich ochraně před infekcemi. Vrozená imunita je první linií obrany a zahrnuje fyzické bariéry, jako je kůže, šupiny a hlen, a také buněčné a humorální reakce, které dokáží rychle rozpoznat patogeny a reagovat na ně. Tyto reakce zahrnují aktivaci fagocytujících buněk, jako jsou makrofágy a neutrofily, uvolňování antimikrobiálních peptidů a produkci reaktivních forem kyslíku. Adaptivní imunita je naproti tomu specifičtější a cílenější odpověď, kterou zprostředkovávají T a B lymfocyty. Tyto buňky dokáží rozpoznat a reagovat na specifické patogeny a mohou si vytvořit imunologickou paměť, což umožňuje rychlejší a silnější reakci na následné infekce. Když se ryba setká s patogenem, aktivuje se její imunitní systém a spustí se řada reakcí. Přesná reakce závisí na patogenu a druhu ryby, ale obecně zahrnuje nábor imunitních buněk do místa infekce, aktivaci fagocytárních buněk, které pohltí a zničí patogen, a produkci cytokinů, které stimulují imunitní odpověď. Cytokiny speciálně pomáhají koordinovat imunitní odpověď a zajišťují aktivaci vhodných mechanismů pro boj s infekcí. Úvodní šetření této práce poskytuje komplexní přehled cytokinových reakcí u kapra obecného vystaveného infekcím CEV, CyHV-3, SVCV a Aeromonas hydrophila. Jeho cílem je shrnout dosavadní literaturu o imunitních reakcích, zejména o expresi cytokinů, a zdůraznit zásadní úlohu cytokinů jako mediátorů zánětu a jejich mechanismů v reakci na patogenní i nepatogenní imunostimulátory u kapra obecného. Produkce těchto cytokinů může vést k různým příznakům a projevům infekcí, což může vést k náboru zánětlivých buněk, které hrají důležitou roli při odstraňování různých infekcí. Kromě toho tato studie přináší poznatky o způsobech, jakými lze cytokiny využít k diagnostice a potírání nemocí u kapra obecného. Dále bylo provedeno zkoumání imunitní odpovědi kaprů na infekci CEV pomocí profilování genové exprese a qPCR. U čtyř různých kmenů kaprů byly sledovány expresní vzorce jedenácti genů souvisejících s imunitou. Bylo zjištěno, že expresní vzorce několika genů souvisejících s imunitou jsou podobné u všech kmenů a genových skupin kaprů, zatímco u kaprů koi infikovaných oběma genovými skupinami CEV byly pozorovány některé významné rozdíly. Kromě toho byla pozorována podobnost ve vzorci exprese několika genů mezi kmenem AS odolným vůči KSD a kmenem koi. Kromě toho pozorované zvýšení exprese mRNA několika genů souvisejících s imunitou naznačuje širší slizniční imunitní odpověď vyvolanou CEV. Celkově tyto výsledky poskytují zásadní poznatky o imunologické reakci kaprů na infekční onemocnění a mohou pomoci při vývoji účinných strategií řízení pro prevenci a kontrolu onemocnění CEV v akvakultuře. Fish diseases refer to any condition that affects the health and well-being of fish, whether in the wild or in captivity. Fish are vulnerable to a variety of diseases caused by bacteria, viruses, fungi, parasites, and other pathogens. The prevalence and severity of these diseases vary widely, depending on the species of fish, the environmental conditions, and the management practices. Fish have a complex immune system that allows them to respond to a variety of diseases. Their immune system includes both innate and adaptive responses, which work together to protect them from infections. Innate immunity is the first line of defense and includes physical barriers such as the skin, scales, and mucus, as well as cellular and humoral responses that can quickly recognize and respond to pathogens. These responses include the activation of phagocytic cells such as macrophages and neutrophils, the release of antimicrobial peptides, and the production of reactive oxygen species. Adaptive immunity, on the other hand, is a more specific and targeted response that is mediated by T and B lymphocytes. These cells can recognize and respond to specific pathogens, and can develop immunological memory, allowing for a faster and stronger response to subsequent infections. When a fish encounters a pathogen, its immune system is activated, and a series of responses are initiated. The exact response depends on the pathogen and the fish species, but generally involves the recruitment of immune cells to the site of infection, the activation of phagocytic cells to engulf and destroy the pathogen, and the production of cytokines to stimulate the immune response. Cytokines specially help to coordinate the immune response and ensure that the appropriate mechanisms are activated to fight the infection. The initial investigation of the thesis provides a comprehensive review of cytokine responses in common carp exposed to CEV, CyHV-3, SVCV and Aeromonas hydrophila infections. It aims to synthesize existing literature on immune responses, particularly cytokine expression, and highlights the essential role of cytokines as inflammatory mediators and their mechanisms in response to both pathogenic and non-pathogenic immunostimulants in common carp. The production of these cytokines may result in various symptoms and signs of infections, which can lead to the recruitment of inflammatory cells that play an important role in clearing up different infections. Furthermore, this study provides insights into the ways by which cytokines can be used to diagnose and combat disease in common carp. Further, the examination of the immune response of carp to CEV infection using gene expression profiling and qPCR was carried out. The expression patterns of eleven immune-related genes were monitored in four different carp strains. The expression patterns of several immune-related genes were found to be similar across all carp strains and genogroups, while some significant differences were observed in koi carp infected with both CEV genogroups. Additionally, a resemblance was observed in the expression pattern of several genes between KSD-resistant AS strain and koi. Furthermore, the observed increase in mRNA expression of several immune related genes indicates a broader mucosal immune response triggered by CEV. Overall, these results provide essential insights into the immunological response of carp to infectious diseases and may help to develop effective management strategies for preventing and controlling CEV disease in aquaculture. Keywords: nemoci ryb; virus edému kapra; imunitní reakce; kapr obecný; cytokiny; genová exprese; geny související s imunitou Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Vnímavost plemen kapra obecného k onemocnění způsobenému kapřím edémovým virem

Nemoci ryb se týkají jakéhokoli stavu, který ovlivňuje zdraví a pohodu ryb, ať už ve volné přírodě, nebo v zajetí. Ryby jsou náchylné k různým onemocněním způsobeným bakteriemi, viry, plísněmi, ...

BALOCH, Ali Asghar
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Využívání dlouhodobého uvolňování léčiv v reprodukci ryb
KNOWLES, Jindřiška
2023 - English Cílem této disertační práce bylo vyvinout a ověřit inovativní metodu hormonální stimulace za použití mikročástic PLGA pro trvalé uvolňování syntetického analogu savčího hormonu uvolňujícího gonadotropin u několika hospodářsky významných druhů ryb. Vzhledem k tomu, že se jedná o první záznam o použití mikročástic PLGA u ryb, bylo cílem stanovit optimální dávku účinné látky, kvantifikovat steroidní odezvu na hormonální stimulaci a posoudit kvalitu a množství získaných pohlavních produktů. Teoretická část diplomové práce byla zaměřena na vypracování studie o metodách hormonální léčby u ryb a diskuzi zaměřenou na potenciál užití PLGA mikročástic v reprodukci ryb. Experimentální část práce byla zaměřena na hodnocení vlivu mikročástic PLGA u druhů ryb běžně chovaných v intenzivní a rybniční akvakultuře. Ryby obou pohlaví byly zahrnuty pro stanovení vlivu hormonální stimulace na produkci a kvalitu jiker a také na kvalitu a množství spermií. The PhD thesis was aimed to develop and validate an innovative method of hormone stimulation using PLGA microparticles for sustained release of a synthetic analogue of mammalian gonadotropin-releasing hormone in several economically important fish species. Since this is the first record of the use of PLGA microparticles in fish, the focus was to establish the optimal dose of the active substance, quantify the steroid response of the broodstock, and to assess the quality and quantity of obtained sex products. The theoretical part of the thesis was focused on elaborating a study reviewing methods of hormonal treatment in fish, and discuss the potential of PLGA microparticles in fish reproduction. While, the experimental part of the work was focused on evaluation of the effect of PLGA microparticles in those fish species commonly reared in intensive and pond aquaculture. Fish of both sexes were included to determine the effect of the treatment on the production and quality of eggs as well as on the quality and quantity of sperm. Keywords: reprodukční dysfunkce; protrahované uvolňování; gamety; pohlavní steroidy; mikročástice Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Využívání dlouhodobého uvolňování léčiv v reprodukci ryb

Cílem této disertační práce bylo vyvinout a ověřit inovativní metodu hormonální stimulace za použití mikročástic PLGA pro trvalé uvolňování syntetického analogu savčího hormonu uvolňujícího ...

KNOWLES, Jindřiška
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Computational modeling of biomolecular interactions in proteins using MD simulations.
ZARA, Zeenat
2023 - English Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Computational modeling of biomolecular interactions in proteins using MD simulations.

ZARA, Zeenat
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Mechanisms behind diversity and ecosystem functioning relationships - the insights from observational and manipulative studies in grassland communities
LISNER, Aleš
2023 - English This thesis focuses on the relationship between diversity and two commonly used ecosystem functions - productivity and its stability. The thesis tries to assess the problematics from different perspectives using large-scale observational studies and small-scale manipulative experiments to better understand which mechanism create observed patterns. High emphasis is put on the methodological aspects and potential theoretical or practical issues arising from experimental setting and data collection. More specifically, the thesis starts with description and critical evaluation of patterns observed at bigger spatial scales and across multiple sites (Chapter I). Then continue with detailed small-scale experimental approaches and assessment of mechanism driving relationship between diversity, productivity and stability of communities (Chapter II and III). Further, the thesis digs into bigger detail focusing on which plant characteristics define abundance patterns of individual species, which translates into productivity (Chapter IV). Finally, it elaborates on common issues related to vegetation data collection and their subsequent analysis (Chapter V). Keywords: diversity; productivity; ecosystem functioning; traits; stability; sampling error Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Mechanisms behind diversity and ecosystem functioning relationships - the insights from observational and manipulative studies in grassland communities

This thesis focuses on the relationship between diversity and two commonly used ecosystem functions - productivity and its stability. The thesis tries to assess the problematics from different ...

LISNER, Aleš
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Cell segmentation from wide-field light microscopy images using CNNs
GHAZNAVI, Ali
2023 - English Image object segmentation allows localising the region of interest in the image (ROI) and separating the foreground from the background. Cell detection and segmentation are the primary and critical steps in microscopy image analysis. Analysing microscopy images allows us to extract vital information about the cells, including their morphology, size, and life cycle. On the other hand, living cell segmentation is challenging due to the complexity of these datasets. This research focused on developing Artificial Intelligence/Machine Learning methods of single- and multi-class segmentation of living cells. For this study, the Negroid cervical epithelioid carcinoma HeLa line was chosen as the oldest, immortal, and most widely used model cell line. Several time-lapse image series of living HeLa cells were captured using a high-resolved wide-field transmitted/reflected light microscope (custom-made for the Institute of Complex System, Nové Hrady, Czech Republic) to observe micro-objects and cells. Employing a telecentric objective with a high-resolution camera with a large sensor size allows us to achieve a high level of detail and sharper borders in large microscopy images. The collected time-lapse images were calibrated and denoised in the pre-processing step. The data sets collected under the transmission microscope setup were analyzed using a simple U-Net, Attention U-Net, and Residual Attention U-Net to achieve the best single-class semantic segmentation result. The data sets collected under the reflection microscope setup were analyzed using hybrid U-Net methods, including Vgg19-Unet, Inception-Unet, and ResNet34-Unet, to achieve the most precise multi-class segmentation result. Image object segmentation allows localising the region of interest in the image (ROI) and separating the foreground from the background. Cell detection and segmentation are the primary and critical steps in microscopy image analysis. Analysing microscopy images allows us to extract vital information about the cells, including their morphology, size, and life cycle. On the other hand, living cell segmentation is challenging due to the complexity of these datasets. This research focused on developing Artificial Intelligence/Machine Learning methods of single- and multi-class segmentation of living cells. For this study, the Negroid cervical epithelioid carcinoma HeLa line was chosen as the oldest, immortal, and most widely used model cell line. Several time-lapse image series of living HeLa cells were captured using a high-resolved wide-field transmitted/reflected light microscope (custom-made for the Institute of Complex System, Nové Hrady, Czech Republic) to observe micro-objects and cells. Employing a telecentric objective with a high-resolution camera with a large sensor size allows us to achieve a high level of detail and sharper borders in large microscopy images. The collected time-lapse images were calibrated and denoised in the pre-processing step. The data sets collected under the transmission microscope setup were analyzed using a simple U-Net, Attention U-Net, and Residual Attention U-Net to achieve the best single-class semantic segmentation result. The data sets collected under the reflection microscope setup were analyzed using hybrid U-Net methods, including Vgg19-Unet, Inception-Unet, and ResNet34-Unet, to achieve the most precise multi-class segmentation result. Keywords: Categorical segmentation; Neural network; Cell detection; Microscopy image segmentation; U-Net; Tissue segmentation; Semantic segmentation; Bright-Field Microscopy cell segmentation; Cell analysis Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Cell segmentation from wide-field light microscopy images using CNNs

Image object segmentation allows localising the region of interest in the image (ROI) and separating the foreground from the background. Cell detection and segmentation are the primary and critical ...

GHAZNAVI, Ali
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Characterisation of novel mitochondrial proteins in \kur{Trypanosoma brucei}
RAŠKOVÁ, Vendula
2023 - English This study analyses and characterises novel mitochondrial proteins in the parasitic protist Trypanosoma brucei. Applying phylogenetic analysis was described the evolutionary origin of ZapE protein in eukaryotes, using a newly developed proximity-dependent biotinylation approach (BioID2) we identified ZapE interaction partners like Oxa1. We also discovered a relationship when distribution of mitochondrial ZapE is restricted only to organisms with Oxa1, respiratory complexes, and a mitochondrial genome. TbPams were detected by phylogenetic analyses as orthologs of corresponding proteins in Opistokonts. We analyse the function of TbPam18 and TbPam16 in the replication of the mitochondrial DNA and determine, how the TMDs of TbPam18 and TbPam16 are essential for their functions. Finally, we evaluated a set of putative mitochondrial proteins of the heterolobosean N. gruberi defined by Localisation of Organelle Proteins by Isotope Tagging (LOPIT) and analyse the origin of mtFfh and mtFtsY. This study analyses and characterises novel mitochondrial proteins in the parasitic protist Trypanosoma brucei. Applying phylogenetic analysis was described the evolutionary origin of ZapE protein in eukaryotes, using a newly developed proximity-dependent biotinylation approach (BioID2) we identified ZapE interaction partners like Oxa1. We also discovered a relationship when distribution of mitochondrial ZapE is restricted only to organisms with Oxa1, respiratory complexes, and a mitochondrial genome. TbPams were detected by phylogenetic analyses as orthologs of corresponding proteins in Opistokonts. We analyse the function of TbPam18 and TbPam16 in the replication of the mitochondrial DNA and determine, how the TMDs of TbPam18 and TbPam16 are essential for their functions. Finally, we evaluated a set of putative mitochondrial proteins of the heterolobosean N. gruberi defined by Localisation of Organelle Proteins by Isotope Tagging (LOPIT) and analyse the origin of mtFfh and mtFtsY. Keywords: Trypanosoma brucei; kDNA; mitochondrion; TbPam protein; ZapE; kinetoplast Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Characterisation of novel mitochondrial proteins in \kur{Trypanosoma brucei}

This study analyses and characterises novel mitochondrial proteins in the parasitic protist Trypanosoma brucei. Applying phylogenetic analysis was described the evolutionary origin of ZapE protein in ...

RAŠKOVÁ, Vendula
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Úloha izoenzymů v regulaci metabolismu sinic
BACHHAR, Anushree
2023 - English Modelová sinice Synechocystis PCC 6803 je jedním z nejstudovanějších druhů sinic, který má významný podíl v biotechnologických aplikacích, což vysvětluje, proč se jí také říká "zelená E. coli". Experimentální studie mohou poskytnout in vitro charakterizaci isozymů, ale nikdo neví, zda a jak přesná je taková parametrizace ve srovnání se stavem in vivo. Také navzdory studiím s jedním/mnoha mutanty, stále plně neznáme rozsah rolí izoenzymů. Důvody, které stojí za tímto problémem, jsou: i) vyřazení jednoho izozymu je pravděpodobně kompenzováno zbývajícími izozymy, ii) deaktivace všech izozymu nepočítá s neznámou multifunkčností jiných enzymů nebo iii) metabolická plasticita Synechocystis umožňuje přesměrování metabolického toku na alternativní dráhy v rámci centrálního metabolismu uhlíku, např. prostřednictvím glykolytických drah (Embden-Meyerhof-Parnasova dráha, Entner-Doudorova dráha, fosfoketolázová dráha a oxidativní pentózofosfátová dráha). V této studii jsem se zaměřila na rozluštění některých regulačních mechanismů v rámci centrálního metabolismu uhlíku Synechocystis s pomocí metabolického modelu, který integruje fluxomické, metabolické a transkriptomické údaje z literatury a různých databází, např. Uniprot, KEGG. V první polovině svého doktorského výzkumu jsem se zaměřila na vliv většinou opomíjené glykolytické fosfoketolázové dráhy. Zejména jsme ukázali, že tok uhlíku cestou fosfoketolázy může dosáhnout 250 % toku přes Embden-Meyerhof-Parnas glykolýzu za autotrofních podmínek a úrovně CO2 okolního prostředí. Tedy, fosfoketolázová dráha hraje klíčovou roli tím, že zmírňuje dekarboxylaci, tj. ztráty uhlíku, ke kterým dochází v ostatních glykolytických cestách. Dále jsme předpověděli, že role fosfoketolázové dráhy za mixotrofních podmínek je u Synechocystis spíše zanedbatelná, přestože je tato dráha klíčová u většiny bakterií za heterotrofních podmínek. Kromě toho jsme potvrdili existenci předpokládaného izoenzymu fosfoketolázy (PKET 2) a kvantifikovali následující výsledky za autotrofních podmínek a úrovně CO2 okolního prostředí: 1) 17% snížení toku přes RuBisCO pro delta pket1 a 2) 11,2-14,3% snížení růstu pro delta pket2 v turbulentním prostředí a 3) preference substrátů pro fosfoketolázovou dráhu za daných růstových podmínek. V druhé polovině své výzkumné práce jsem se zaměřila na nedávno potvrzenou glykolytickou Entner-Doudoroffovu dráhu u Synechocystis. Entner-Doudoroffova dráha byla dříve považována za velmi běžnou (~92 %) mezi sinicemi, ale moje bioinformatická analýza na základě dostupných zdrojů dat předpověděla, že výskyt Entner-Doudoroffovy dráhy je nižší než 50 %. Zajímavé je, že jsme také identifikovali pravděpodobné izozymy v rámci Entner-Doudoroffovy dráhy u některých sinic. V případě Synechocystis jsme poskytli první odhad metabolického toku přes Entner-Doudoroffovu dráhu na základě údajů změn růstu při zablokování této dráhy; je zatím obtížné provést experimentální ověření s pomocí izotopu 13C vzhledem k současným limitům detekce velmi nízkých koncentrací metabolitů v přístrojích hmotnostní spektrometrie. Nicméně jsme zjistili příliš mnoho nejasností (multifunkčnost enzymů a problémy s identitou enzymů Entner-Doudoroffovy dráhy), takže je obtížné anotovat nebo předpovědět rozsah možných metabolických a regulačních funkcí Entner-Doudoroffovy dráhy u Synechocystis. Model cyanobacterium Synechocystis PCC 6803 is one of the most studied species of cyanobacteria, having a significant impact in biotechnology, which explains why it is also known as "green E. coli". Experimental studies could deliver in vitro characterization of isozymes, but nobody knows if and how accurate such parametrization is in comparison to in vivo conditions. Also, despite the single/multi-mutant studies, the extent of isoenzymes roles is still lacking. The reasons behind this issue are: i) single knock-out is likely to be compensated by remaining isozyme(s), ii) deactivation of all isozymes does not count for unknown multi functionalities or iii) metabolic plasticity of Synechocystis allowing the redirection of metabolic flux towards alternative pathways within the central carbon metabolism, e.g., via glycolytic pathways (Embden-Meyerhof-Parnas pathway, Entner-Doudoroff pathway, phosphoketolase pathway and oxidative pentose phosphate pathway). In this study, I aimed to decipher some of the regulatory mechanisms within the central carbon metabolism of Synechocystis with the aid of metabolic model, integrating fluxomic, metabolic and transcriptomic data from literature and various databases e.g., Uniprot, KEGG. In the first half of my PhD research, I have focused on the impact of the mostly ignored glycolytic phosphoketolase pathway. In particular, we have shown that carbon flux via phosphoketolase pathway could be above 250% of the flux via Embden-Meyerhof-Parnas glycolysis under autotrophic conditions ambient CO2, thus playing a crucial role by mitigating the decarboxylation, i.e., carbon loss, occurring in other glycolytic pathways. We predicted that role of phosphoketolase pathway under mixotrophic conditions is rather negligible in Synechocystis, despite phosphoketolase pathway is crucial for heterotrophic conditions in most bacteria. In addition, we supported the existence of putative phosphoketolase isoenzyme (PKET 2) and quantified the following results under autotrophic conditions ambient CO2: 1) 17% flux reduction via RuBisCO for delta pket1 and 2) 11.2-14.3% growth decrease for delta pket2 in turbulent environment and 3) the substrate preference for phosphoketolase pathway under a given growth conditions. In the second half of my research work, I have focused on the recently confirmed glycolytic route in Synechocystis, the Entner-Doudoroff pathway (ED-P). Entner-Doudoroff pathway was previously concluded to be a very common (~92%) pathway among cyanobacteria, but my bioinformatic analysis based on available data sources predicted, Entner-Doudoroff pathway occurrence is below 50%. Interestingly, we have also identified plausible isozymes within Entner-Doudoroff pathway for some cyanobacteria. In the case of Synechocystis, we provided the first estimation of flux via Entner-Doudoroff pathway based on the growth impairment data which cannot be currently detected by 13C labelling experiments due to current detection limit for lower concentrations metabolite levels in mass-spectrometry devices. Nevertheless, we have identified too many uncertainties (enzyme multifunctionalities and identity issues) that it become difficult to annotate or predict the extent of possible metabolic and regulatory functions of Entner-Doudoroff pathway in Synechocystis. Keywords: Synechocystis PCC 6803; centrální metabolismus uhlíku; isoenzymy; kinetické modelování; multiomika. Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Úloha izoenzymů v regulaci metabolismu sinic

Modelová sinice Synechocystis PCC 6803 je jedním z nejstudovanějších druhů sinic, který má významný podíl v biotechnologických aplikacích, což vysvětluje, proč se jí také říká "zelená E. coli". ...

BACHHAR, Anushree
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Genome evolution of endosymbiotic bacteria in blood-sucking insects
ŘÍHOVÁ, Jana
2023 - English The research on insect-bacteria symbiosis is experiencing a rapid burst leading to the identification of much higher complexity and dynamics of the insect-bacteria associations than ever before envisaged. The generally accepted concept of obligate bacterial symbionts as providers of essential compounds (vitamins, aminoacids) has been further developed into the framework of microbiomes, i.e. communities of microorganisms associated with the host. The majority of the knowledge has been derived from plant sap-feeders, while data on blood-feeding insects remain fragmented and even inconsistent. In this thesis, we employ amplicon, genomic and in-vivo approaches to investigate several symbiotic systems of obligate blood-feeders and address the following questions: What is the diversity of symbiotic bacteria in our studied systems? What are the metabolic capacities of these symbionts? What is the role of symbionts in the biology of their hosts? What are the possible sources of bacteria prone to establish symbiosis with obligate blood-feeders? Where these symbionts reside in the host´s body? What is the coevolutionary pattern of these bacteria with their hosts? As an answer to these questions, I present the results detailed in the course of this thesis, which are preceded by a comprehensive introduction to the studied topics and wraps up with a summary of the main results. Keywords: symbiotic bacteria; obligate blood-feeders; microbiome; amplicon sequencing; whole-genome sequencing; metaboic capacities Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Genome evolution of endosymbiotic bacteria in blood-sucking insects

The research on insect-bacteria symbiosis is experiencing a rapid burst leading to the identification of much higher complexity and dynamics of the insect-bacteria associations than ever before ...

ŘÍHOVÁ, Jana
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Biomolecular simulations in non-aqueous media
FADAEI, Fatemeh
2023 - English Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Biomolecular simulations in non-aqueous media

FADAEI, Fatemeh
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Dung beetles of Central Europe: Diversity and conservation
AMBROŽOVÁ, Lucie
2023 - English Tato disertační práce se skládá ze tří ochranářsky orientovaných studií, které se zabývají zejména faktory určujícími diverzitu koprofágních brouků ve střední Evropě. První studie hodnotila vliv rutinního odčervování hospodářských zvířat ivermektinem na druhovou diverzitu a funkční výkonnost společenstva koprofágních brouků. Druhá studie zkoumala vliv alternativních lesních managementů pařazení a odstranění svrchní vrstvy půdy na druhovou a funkční diverzitu lesních koprofágních brouků a drabčíků. Poslední studie se zabývala environmentálními a managementovými faktory, které určují -diverzitu koprofágních brouků, s cílem identifikovat prioritní oblasti druhové ochrany středoevropských Koprofágů. The thesis consists of three conservation-oriented studies, mainly focusing on the factors determining dung beetle diversity in Central Europe. We assessed the role of routine ivermectin treatment on diversity and functional performance of dung beetle community. Alternative forest managements of coppicing and additional topsoil removal were evaluated in terms of their suitability for increasing diversity of dung-inhabiting dung and rove beetles. Further, we examined environmental and management-related factors driving dung beetle beta-diversity to facilitate conservation prioritization of Central European dung beetles. Keywords: ivermektin; beta-diverzita; ochrana přírody; chráněné druhy; koprofágní brouci; Scarabaeidae; Geotrupidae; pastevní management Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Dung beetles of Central Europe: Diversity and conservation

Tato disertační práce se skládá ze tří ochranářsky orientovaných studií, které se zabývají zejména faktory určujícími diverzitu koprofágních brouků ve střední Evropě. První studie hodnotila vliv ...

AMBROŽOVÁ, Lucie
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023