Yes (6123)
No (1507)
Number of found documents:
7630
Published from
to
Strukturní studie vybraných proteinových komplexů účastnících se přenosu signálu v buňce
Honzejková, Karolína; Obšil, Tomáš; Bouřa, Evžen; Pavlíček, Jiří
2024 - English
Protein-protein interactions are critical for most physiological and pathophysiological processes. Detailed characterization of these interactions is therefore essential not only to understand the nature of these events, but also to design strategies to target these interactions. This work focuses on the study of the structure and interactions of several proteins and their complexes. Apoptosis signal-regulating kinase 1 (ASK1) is a mitogen-activated protein kinase kinase kinase (MAP3K) that activates the p38/JNK protein kinase pathways, thereby directing cells toward an inflammatory response or apoptosis. ASK1 interacts with thioredoxin (TRX), a small dithiol oxidoreductase, which inhibits ASK1, but the mechanism of this inhibition has not been clarified. CaMKK1 and CaMKK2 are Ca2+ /calmodulin (CaM)-dependent protein kinases that regulate cellular energy balance, memory, and inflammation, among others. Both are inhibited by 14-3-3 proteins, but despite their domain and sequence similarities, the extent of 14-3-3 protein- mediated inhibition is different. Estrogen receptor alpha (ERα) is a nuclear receptor involved in breast cancer. Tamoxifen, an ERα antagonist, is used to treat this disease, but resistance often develops. 14-3-3 proteins interact with ERα and inhibit its transcriptional activity,... Protein-proteinové interakce jsou klíčové pro většinu fyziologických i patofyziologických dějů. Detailní charakterizace těchto interakcí je proto nezbytná nejen k porozumění podstaty těchto dějů, ale i pro návrh strategií, jak tyto interakce cíleně ovlivňovat. Tato práce se zaměřuje na studium struktury a interakcí několika proteinů a jejich komplexů. ASK1 (z anglického "apoptosis signal-regulating kinase 1") je mitogeny aktivovaná proteinkinasa kinasa kinasa (MAP3K), která aktivuje dráhy proteinkinas p38/JNK, čímž směruje buňky k zánětlivé reakci nebo apoptóze. ASK1 interaguje s thioredoxinem (TRX), malou dithioloxidoreduktasou, která inhibuje ASK1, nicméně mechanismus této inhibice je nejasný. CaMKK1 a CaMKK2 jsou Ca2+ /kalmodulin (CaM)- dependentní proteinkinasy, které regulují např. energetickou rovnováhu buňky, paměť či zánět. Obě jsou inhibovány proteiny 14-3-3, ale navzdory svým doménovým a sekvenčním podobnostem je rozsah inhibice zprostředkovaný proteiny 14-3-3 odlišný. Estrogenový receptor alfa (ERα) je jaderný receptor, který se podílí na vzniku rakoviny prsu. Pro léčbu tohoto onemocnění se používá tamoxifen, antagonista ERα, který však často způsobuje vznik rezistence. Proteiny 14-3-3 interagují s ERα a inhibují jeho transkripční aktivitu, povaha této interakce je však stále nejasná....
Keywords:
ASK1; CaMKK1; CaMKK2; proteinkinasa; apoptosa; 14-3-3; ER alfa; ASK1; CaMKK1; CaMKK2; protein kinase; apoptosis; 14-3-3; ER alpha
Available in a digital repository NRGL
Strukturní studie vybraných proteinových komplexů účastnících se přenosu signálu v buňce
Protein-protein interactions are critical for most physiological and pathophysiological processes. Detailed characterization of these interactions is therefore essential not only to understand the ...
Strukturní studie opravy abazického místa a tvorba kovalentního spojení opačných řetězců DNA
Landová, Barbora; Bouřa, Evžen; Bařinka, Cyril; Schneider, Bohdan
2024 - English
DNA damage refers to any alteration or modification in the DNA structure that deviates from its natural state. Abasic site (Ap site) is one of the most common DNA lesions resulting from spontaneous depurination/depyrimidination or enzymatic base excision. When left unrepaired it can lead to a cascade of genetic mutations, potentially causing diseases like cancer. Understanding DNA repair mechanisms is vital for medical research and applications. Bacterial MutM is a DNA repair glycosylase, removing DNA damage generated by oxidative stress and preventing mutations and genomic instability. MutM belongs to the Fpg/Nei family of procaryotic enzymes, sharing structural and functional similarities with their eukaryotic counterparts, such as NEIL1-NEIL3. Here, I present two crystal structures of MutM from pathogenic Neisseria meningitidis: MutM holoenzyme and MutM bound to DNA. The free enzyme exists in an open conformation, while upon binding to DNA, both the enzyme and DNA undergo substantial structural changes and domain rearrangement. One of the DNA lesion repaired by MutM is the Ap site, which, if not repaired, may spontaneously lead to the formation of an abasic site interstrand crosslink (Ap-ICL) with an adjacent adenine in the opposite strand. NEIL3 glycosylase is known to remove Ap-ICL. With a... Poškozením DNA se rozumí jakákoli změna nebo modifikace struktury DNA, která se odchyluje od jejího přirozeného stavu. Abasické místo (Ap místo) je jedním z nejčastějších poškození DNA, které vzniká spontánní depurinací/depyrimidinací nebo enzymatickým odstraněním báze. Pokud se neopraví, může vést ke genetické mutaci a potenciálně způsobit onemocnění, jako je například rakovina. Pochopení mechanismu opravy DNA je zásadní pro lékařský výzkum a aplikaci. Bakteriální MutM je glykosyláza opravující DNA, která odstraňuje poškození DNA vzniklé oxidačním stresem a zabraňuje mutacím a genomové nestabilitě. MutM patří do rodiny prokaryotických enzymů Fpg/Nei a je strukturně i funkčně podobná se svým eukaryotickým protějškům, jako jsou NEIL1-NEIL3. Zde prezentuji dvě krystalové struktury MutM z patogenní Neisseria meningitidis: MutM holoenzym a MutM vázaný na DNA. Volný enzym existuje v otevřené konformaci, zatímco po vazbě na DNA, dochází k podstatným strukturním změnám a přeskupení domén enzymu i ohybu DNA. Jednou z poškození DNA opravovaných MutM je Ap místo, které, pokud není opraveno, může spontánně vést k vytvoření mezivláknového kovanetního prokřízení DNA (Ap-ICL) se sousedním adeninem na opačném vlákně DNA. Je známo, že glykosyláza NEIL3 odstraňuje Ap-ICL. Pomocí série různých oligonukleotidů jsme...
Keywords:
poškození DNA; oprava DNA; glykosylásy; struktura; DNA damage; DNA repair; glycosylases; structure
Available in a digital repository NRGL
Strukturní studie opravy abazického místa a tvorba kovalentního spojení opačných řetězců DNA
DNA damage refers to any alteration or modification in the DNA structure that deviates from its natural state. Abasic site (Ap site) is one of the most common DNA lesions resulting from spontaneous ...
Atomová fluorescenční spektrometrie s generováním těkavých specií - citlivý nástroj pro ultrastopovou prvkovou analýzu
Štádlerová, Barbora; Musil, Stanislav; Spěváčková, Věra; Dočekalová, Hana
2024 - English
This thesis encompasses a development of innovative methodologies based on atomic fluorescence spectrometry, offering precise and sensitive determination of ultra-trace elements, such as bismuth, cadmium, and nickel. The common denominator of all parts of this work is the use of a research-grade non-dispersive atomic fluorescence spectrometer (AFS). First part of this work is dedicated to the development of a highly sensitive methodology for bismuth determination based on hydride generation (HG) coupled with AFS. Bismuthane was generated by the reaction with NaBH4 in HCl medium in a flow injection arrangement and directed by a stream of carrier argon and hydrogen to an atomizer. A detailed optimization of the optical path of the spectrometer (electrodeless discharge lamp, lenses and interference filter) and atomization parameters in two flame atomizers - miniature diffusion flame (MDF) and flame-in-gas-shield atomizer (FIGS) - was performed. An excellent repeatability and extremely low limits of detection were achieved, namely 1.8 ng L−1 with the MDF and 0.9 ng L−1 with the FIGS. Subsequently, a photochemical vapour generation (PVG) of bismuth was coupled to AFS, employing a flow injection arrangement of the generator, a standard mercury low-pressure UV lamp and a coiled Teflon reactor. A flow rate... Tato disertační práce se zabývá vývojem nových analytických metodologií založených na atomové fluorescenční spektrometrii - detekční metodě, která nabízí precizní a citlivé stanovení ultrastopových prvků, mezi něž patří například bismut, kadmium a nikl. Společným jmenovatelem této práce je použití nekomerčního nedisperzního atomového fluorescenčního spektrometru (AFS) vyvinutého v laboratoři. První část této práce se věnuje vývoji vysoce citlivé metody pro stanovení bismutu pomocí generování hydridů (HG) ve spojení s AFS. Bismutan byl generován reakcí s NaBH4 v prostředí HCl v uspořádání průtokové injekční analýzy a pomocí proudu nosného plynu argonu a vodíku byl unášen do atomizátoru. Byla provedena detailní optimalizace optické cesty spektrometru (pozice bezelektrodové výbojky, čoček a interferenčního filtru) a atomizačních podmínek ve dvou plamenových atomizátorech - miniaturním difúzním plamenu (MDF) a tzv. flame-in-gas-shield atomizátoru (FIGS). Bylo dosaženo výborné opakovatelnosti a extrémně nízkých mezí detekce, jmenovitě 1,8 ng l−1 s využitím MDF a 0,9 ng l−1 s FIGS. Následně byl AFS spojen s fotochemickým generátorem těkavých specií (PVG), opět v uspořádání injekční průtokové analýzy. Použitý fotoreaktor se skládal ze standardní rtuťové nízkotlaké UV výbojky ovinuté teflonovou trubičkou....
Keywords:
atomová fluorescenční spektrometrie; generování těkavých specií; ultrastopová prvková analýza; hydridotvorné prvky; přechodné kovy; atomic fluorescence spectrometry; volatile species generation; ultratrace elemental analysis; hydride forming elements; transition metals
Available in a digital repository NRGL
Atomová fluorescenční spektrometrie s generováním těkavých specií - citlivý nástroj pro ultrastopovou prvkovou analýzu
This thesis encompasses a development of innovative methodologies based on atomic fluorescence spectrometry, offering precise and sensitive determination of ultra-trace elements, such as bismuth, ...
Studium netěkavých nitrososloučenin v pivovarství
Malečková, Michaela; Sobotníková, Jana; Čabala, Radomír; Karabín, Marcel
2024 - English
4 Abstract Nitroso compounds are beer contaminants related to carcinogenicity and can be naturally formed during brewing. They are generally categorized as volatile and non-volatile. Well-characterized and proven carcinogenic compounds are mostly volatile N-nitrosamines, whereas specific non-volatile nitroso compounds are nearly unknown even by structure. This deficiency limits improvements in health-risk assessment and control of beer. The present study focused on these barely known compounds in beer, related to their molecule structures and natural occurrence in beer and malt. Since these compounds form by nitrite reactions with naturally occurring compounds in beer or raw materials, the beer sample was parallelly treated by nitrite and isotopically labelled nitrite-15N at acidic conditions. Due to isotopic labelling, formed nitrite-related reaction products were distinguished by gas chromatography with tandem mass spectrometry. By this approach, up to 22 unknown nitrite-related reaction products (N-products) were found and structurally studied from mass spectrometric fragmentation patterns. Besides previously found N-nitrosoproline and N-nitrosoproline ethyl ester, newly characterized compounds in beer were 4-cyanophenol, pyruvic acid oxime, 2-methoxy-5-nitrophenol, nitrosoguaiacol, and 4-nitrosophenol.... 5 Abstrakt Nitrososloučeniny jsou kontaminanty piva s karcinogenními účinky, které se přirozeně tvoří během pivoarského procesu. Obecně jsou děleny na těkavé a netěkavé. Dostatečně charakterizované a prokázané karcinogenní látky jsou těkavé N-nitrosaminy, což nelze konstatovat pro strukturně neznámé zástupce netěkavých nitrososloučenin. Tato neznalost limituje vývoj nových analytických metod vedoucí k přesnějšímu zhodnocení a kontrole zdravotních rizik piva. Předložená studie se proto zabývá těmito méně známými sloučeninami, zejména strukturou molekul a jejich přirozeným výskytem v pivu i sladu. Jelikož je jejich vznik spojován s reakcemi dusitanu se sloučeninami piva a jeho surovin, byl vzorek piva paralelně ošetřen dusitanem (standardním a izotopickým-15N) v kyselém prostředí. Díky izotopickému značení byly vzniklé reakční produkty identifikovány plynovou chromatografií s tandemovou hmotnostní spektrometrií. Tímto přístupem bylo nalezeno a strukturně studováno až 22 neznámých reakčních produktů dusitanu (N-produktů) pomocí hmotnostně spektrometrických fragmentací. Kromě dříve nalezeného N-nitrosoprolinu a N-nitrosoprolin ethyl esteru, byly nově v pivu charakterizovány: 4-kyanofenol, oxim kyseliny pyrohroznové, 2-methoxy-5-nitrofenol, nitrosoguajakol a 4-nitrosofenol. Několik N-produktů bylo...
Available in a digital repository NRGL
Studium netěkavých nitrososloučenin v pivovarství
4 Abstract Nitroso compounds are beer contaminants related to carcinogenicity and can be naturally formed during brewing. They are generally categorized as volatile and non-volatile. ...
Teologie svatosti podle sv. Jana Pavla II.
Bušková, Magda; Novotný, Vojtěch; Červenková, Denisa; Svatoň, Robert
2024 - English
v anglickém jazyce: The primary focus of this study on the theology of holiness, according to St John Paul II, is to explore how he understands and interprets Christian holiness and what perspective he brings to the subject. The study offers a brief view of the saints he beatified and canonised, followed by insight into the moments of his life and spirituality, exploring, in line with the approach of spiritual theology, the appeal to understand him from within. The study's approach further reflects the theme of holiness from the position of selected texts of the Second Vatican Council. It intentionally takes into account the post-conciliar interpretation of Karol Wojtyła to consider the roots of his theology of holiness. The research of the theology of holiness in John Paul II's magisterium follows within selected encyclicals, especially Redemptor Hominis, Dives in Misericordia, Dominum et Vivificantem, and Redemptoris Missio, to explore aspects and characteristics he emphasised. The basic thesis and the study's golden thread is the approach of Christian holiness described as the union of Jesus Christ with a Christian in the Holy Spirit and the realisation of such union in the Church. Klíčová slova v anglickém jazyce: St John Paul II, holiness, union with Christ, Holy Spirit, mission, kingdom of God v českém jazyce: Tato studie o teologii svatosti podle svatého Jana Pavla II. se zaměřuje především na otázku, jak chápe a interpretuje křesťanskou svatost a jakou perspektivu k tomuto tématu přináší. Studie nabízí stručný pohled na jím blahořečené a kanonizované světce, následuje vhled do momentů jeho života a spirituality a v souladu s přístupem spirituální teologie zkoumá výzvu k jeho vnitřnímu pochopení. Přístup studie dále reflektuje téma svatosti z pozice vybraných textů Druhého vatikánského koncilu. Záměrně zohledňuje pokoncilní interpretaci Karola Wojtyły, aby se zamyslela nad kořeny jeho teologie svatosti. Výzkum teologie svatosti v magisteriu Jana Pavla II. je následně realizován v rámci vybraných encyklik, zejména Redemptor Hominis, Dives in Misericordia, Dominum et Vivificantem a Redemptoris Missio, se záměrem prozkoumat zdůrazňované aspekty a charakteristiky. Základní tezí a hlavní osou studie je přístup ke křesťanské svatosti interpretované jako spojení Ježíše Krista s křesťanem v Duchu svatém a uskutečňování tohoto spojení v církvi. Klíčová slova v českém jazyce: Sv. Jan Pavel II., svatost, spojení s Kristem, Duch svatý, misie, království Boží
Keywords:
Sv. Jan Pavel II; svatost; spojení s Kristem; Duch svatý; misie; království Boží; St John Paul II; holiness; union with Christ; Holy Spirit; mission; kingdom of God
Available in a digital repository NRGL
Teologie svatosti podle sv. Jana Pavla II.
v anglickém jazyce: The primary focus of this study on the theology of holiness, according to St John Paul II, is to explore how he understands and interprets Christian holiness and what perspective ...
Způsoby seznamování v současné společnost
Topinková, Renáta; Hamplová, Dana; Katrňák, Tomáš; Nešporová, Olga
2024 - English
In the past decade, online dating has been displacing other ways of meeting partners. In the US, online dating has surpassed meeting through friends and family around the 2013 for heterosexual couples. Despite the widespread popularity of online dating, relatively little is known about its prevalence, user perceptions, and behavioral dynamics in online dating platforms within the context of Czechia. This dissertation aims to fill this gap in empirical insights into Czech online dating market by utilizing two main data sources: 1) a survey of adult Czech internet users, 2) digital trace data from a Czech mobile dating app. The study starts with the historical overview of matchmaking, transitioning from newspaper ads in the 19th and early 20th centuries to the flourishing of online platforms in the modern era, reflecting societal norms and demands of different eras. The survey of Czech internet users reveals that online dating is a prevalent mode of finding romantic partners among surveyed Czechs, resonating with trends observed in the US and other Western countries. The fast emergence and widespread popularity of online dating begs the question of how it is related to one of the most persistent patterns in the research on partnerships and families - homogamy. The remainder of the thesis therefore... V posledních letech se z online seznamování stal dominantní prostředek, jakým se nové páry seznamují, přičemž již v roce 2013 v USA u heterosexuálních párů předstihlo seznamování prostřednictvím přátel a rodiny. Navzdory široké popularitě online seznamování je o jeho rozšíření, vnímání společností a dynamice chování uživatelů na online seznamovacích platformách v kontextu Česka známo poměrně málo. Tato disertační práce si klade za cíl zaplnit tuto mezeru v empirických poznatcích o českém trhu online seznamování s využitím dvou hlavních zdrojů dat: 1) dotazníkového šetření mezi dospělými českými uživateli internetu, 2) digitálních stop z české mobilní seznamovací aplikace. Studie začíná historickým přehledem seznamování, který přechází od novinových inzerátů v 19. a na počátku 20. století k rozkvětu online platforem v moderní době, přičemž odráží společenské normy a požadavky různých historických period. Šetření na kvótním výběru českých uživatelů internetu ukazuje, že online seznamování je mezi dotazovanými Čechy převládajícím způsobem hledání romantických partnerů, což odpovídá trendům v USA a dalších západních zemích. Rychlý nástup a široká obliba online seznamování vyvolává otázku, jak souvisí s jedním z nejstabilnějších vzorců ve výzkumu partnerských vztahů a rodin - homogamií. Zbývající část...
Keywords:
online seznamování|homofilie|homogamie|výběr partnera|digitální stopy|computational social science|věková preference|desirabilita; online dating|homophily|homogamy|partner selection|digital trace data|computational social science|age preferences|desirability
Available in a digital repository NRGL
Způsoby seznamování v současné společnost
In the past decade, online dating has been displacing other ways of meeting partners. In the US, online dating has surpassed meeting through friends and family around the 2013 for heterosexual ...
Prostorově časová distribuce aerosolu v městském a venkovském prostředí
Bendl, Jan; Hovorka, Jan; Mikuška, Pavel; Vojtíšek, Michal
2024 - English
Air quality in Europe remains a significant environmental concern, affecting the health and quality of life of its population. While stationary network ambient air quality monitoring allows for the observation of main trends, it is not fully representative of personal exposure of citizens due to high spatio-temporal variability of atmospheric aerosol. Therefore, highly time-and- space resolved measurements with state-of-the-art instruments and methods are needed to observe the aerosol variability, dynamics, identify hot-spots, and pollution sources, which are necessary for successful targeted mitigation measures. This thesis addresses this gap focusing on the characterization of spatio-temporal distribution of atmospheric aerosol in inhabited environments. Novel mobile measurement systems were developed and employed to investigate diverse environments, including rural, urban and suburban area. Aerosol source-apportionment were conducted, and the toxicological effects associated with these environments were also investigated. A novel mobile measurement system was developed for personal exposure measurements and pollution mapping in urban and rural environments. The system was used to measure air quality in the Munich subway, revealing high aerosol dynamics with significantly higher concentrations of... Kvalita ovzduší v Evropě zůstává významným problémem v oblasti životního prostředí, který ovlivňuje zdraví a kvalitu života obyvatel. Stacionární síť monitorování kvality venkovního ovzduší sice umožňuje sledovat hlavní trendy, ale vzhledem k vysoké časoprostorové proměnlivosti atmosférického aerosolu není plně reprezentativní pro osobní expozici občanů. Proto jsou zapotřebí měření s vysokým časovým a prostorovým rozlišením, která umožní sledovat jak dynamiku aerosolu, tak identifikovat horká místa a zdroje znečištění. To je nezbytný předpoklad pro úspěšná cílená opatření ke zlepšení kvality ovzduší. Práce se zaměřuje na charakterizaci časoprostorového rozložení atmosférického aerosolu v obydleném prostředí. Byly vyvinuty a použity nové systémy pro mobilní měření určené pro charakterizaci venkovských, městských a příměstských oblastí. Byly provedeny experimenty vedoucí k rozlišení zdrojů aerosolu a stanovení jeho toxikologických účinků. Byl vyvinut nový mobilní měřicí systém pro měření osobní expozice a mapování znečištění v městském a venkovském prostředí. Systém byl použit k měření kvality ovzduší v mnichovském metru a odhalil vysokou dynamiku aerosolů s výrazně vyššími koncentracemi především hrubých částic - především oxidů železa z kolejnic a otěrů kol - ve srovnání s okolním ovzduším (rukopis...
Keywords:
atmosférický aerosol; prostorově časová distribuce; kvalita ovzduší; aerosolové částice; složení aerosolu; identifikace zdrojů; emise; mezní vrstva atmosféry; polycyklické aromatické uhlovodíky; elementární složení; zdravotní účinky; genotoxicita; atmospheric aerosol; spatio-temporal variability; air quality; particulate matter; aerosol composition; source apportionment; emissions; planetary boundary layer; polycyclic aromatic hydrocarbons; elemental composition; health effects; genotoxicity
Available in a digital repository NRGL
Prostorově časová distribuce aerosolu v městském a venkovském prostředí
Air quality in Europe remains a significant environmental concern, affecting the health and quality of life of its population. While stationary network ambient air quality monitoring allows for the ...
Strojový překlad na základě jednojazyčných textů
Kvapilíková, Ivana; Bojar, Ondřej; Espana-Bonet, Cristina; Čmejrek, Martin
2024 - English
Title: Towards Machine Translation Based on Monolingual Texts Author: Ivana Kvapilíková Institute: Institute of Formal and Applied Linguistics Supervisor: doc. RNDr. Ondřej Bojar, Ph.D., Institute of Formal and Applied Linguistics Abstract: The current state of the art in machine translation (MT) heavily relies on parallel data, i.e. texts that have been previously translated by humans. This type of resource is expen- sive and only available for several language pairs in limited domains. A new line of research has emerged to design models capable of learning to translate from monolingual texts which are signicantly easier to obtain, e.g. by web-crawling. While it is impressive that such models achieve translation capabilities, the translation quality of the output they produce is still low for practical applications. This dissertation thesis strives to improve their performance. We explore the existing approaches of using monolingual resources to train translation models and propose a new technique to generate pseudo-parallel training data articially without expensive human input. We automatically select similar sentences from monolingual corpora in different languages and we show that using them in the initial stages of MT training leads to a signicant enhancement in translation quality. We also... Název: Strojový překlad na základě jednojazyčných textů Autor: Ivana Kvapilíková Ústav: Ústav aplikované a formální lingvistiky Vedoucí: doc. RNDr. Ondřej Bojar, Ph.D., Ústav aplikované a formální lingvistiky Abstrakt: Současné systémy strojového překladu (SP) jsou závislé na existenci paralelních dat, tedy textů, které byly dříve přeloženy lidmi. Tento typ dat je drahý a je dostupný pouze pro několik jazykových párů v omezených doménách. Vznikl tedy nový výzkumný směr zaměřený na navrhování modelů schopných naučit se překládat z jednojazyčných textů, které jsou výrazně dostupnější než texty paralelní, např. z internetu. I když je působivé, že takové modely překládat skutečně dokáží, kvalita jimi vyprodukovaných výstupů je pro praktické aplikace stále nedostatečná. Tato disertační práce se snaží vylepšit jejich výkonnost. Zkoumáme stávající přístupy používání jednojazyčných zdrojů k trénování překladových modelů a navrhujeme novou techniku generování pseudo-paralelních trénovacích dat uměle, bez drahého lidského vstupu. Automaticky hledáme podobné věty v jednojazyčný korpusech v různých jazycích a ukazujeme, že jejich použití v počátečních fázích trénování SP vede k...
Keywords:
strojový překlad|neřízené učení|hluboké neuronové sítě|nízkozdrojové jazyky|zpracování přirozeného jazyka; machine translation|unsupervised learning|deep neural networks|low-resource languages|natural language processing
Available in a digital repository NRGL
Strojový překlad na základě jednojazyčných textů
Title: Towards Machine Translation Based on Monolingual Texts Author: Ivana Kvapilíková Institute: Institute of Formal and Applied Linguistics Supervisor: doc. RNDr. Ondřej Bojar, Ph.D., Institute of ...
Metody pracující s omezeným množstvím zdrojů pro využití v dialogových systémech
Hudeček, Vojtěch; Dušek, Ondřej; Skantze, Gabriel; Schwarz, Petr
2024 - English
This thesis focuses on developing and improving task-oriented dialogue systems design in the rapidly growing landscape of artificial intelligence and natural language processing. We propose techniques that can substantially decrease development and deployment costs, motivated by the desire to make these systems more adaptable and scalable. We introduce multiple novel approaches to achieving these goals. Firstly, we present a weakly supervised automatic data annotation pipeline that can transform raw dialogue transcript into a refined set of semantically coherent concepts, bypassing the need for exhaustive manual annotations in natural language understanding for a given domain and significantly streamlining the development process. We also explore the largely uninvestigated field of latent variable models in task-oriented dialogue system modeling. These models offer excellent capabilities with the potential to uncover the structure of behavioral patterns seen in the dialogue through inspection of the latent space and comparison with actions taken by the model. Furthermore, we explore the potential of these models to form hierarchical representations using our proposed architecture. Following recent progress in the field, we harness the power of pre-trained large language models using in-context learning. We... Tato práce se zaměřuje na vývoj a zdokonalování návrhu tzv. task-oriented dialogových systémů v rychle se rozvíjejícím prostředí výzkumu umělé inteligence a zpracování přirozeného jazyka. Navrhujeme techniky, které mohou podstatně snížit náklady na vývoj a nasazení těchto systémů, což je motivováno snahou o jejich větší přizpůsobivost a škálovatelnost. V práci představujeme několik nových přístupů k dosažení těchto cílů. Nejdříve představujeme automatickou metodu anotace dat, která dokáže extrahovat sadu sémanticky koherentních konceptů (dialogových slotů) z prostého přepisu zaznamenaných konverzací. Tímto přístupem snižujeme množství manuální anotace potřebné pro porozumění přirozenému jazyku v dané doméně a výrazně tak zefektivňujeme proces vývoje. Zkoumáme také modely využívající latentní proměnné v modelování task-oriented dialogových systémů. Tato oblast je do značné míry neprobádána. Modely využívající latentní proměnné nabízejí možnost využití neanotovaných dat s potenciálem odhalit strukturu vzorců chování pozorovaných v dialogu. Toho lze dosáhnout prostřednictvím analýzy latentního prostoru a porovnání s akcemi provedenými modelem. Dále zkoumáme potenciál těchto modelů pro vytváření hierarchických reprezentací pomocí námi navržené architektury. V návaznosti na nedávný pokrok v této oblasti také...
Keywords:
zpracování přirozeného jazyka; neuronové sítě; stromové struktury; natural language processing; neural networks; tree structures
Available in a digital repository NRGL
Metody pracující s omezeným množstvím zdrojů pro využití v dialogových systémech
This thesis focuses on developing and improving task-oriented dialogue systems design in the rapidly growing landscape of artificial intelligence and natural language processing. We propose techniques ...
Vývoj protinádorových imunoterapeutických molekul na bázi fragmentů protilátek specifických pro prostatický specifický membránový antigen
Das, Gargi; Bařinka, Cyril; Vaněk, Ondřej; Ormsby, Tereza
2024 - English
Prostate cancer (PCa) remains a leading cause of male cancer-related mortality, necessitating thus the development of novel therapeutic approaches as conventional treatments have limited efficacy. Prostate-specific membrane antigen (PSMA) is an established biomarker for both imaging and therapy of PCa, as it is highly upregulated in neoplastic PCa tissues and metastatic castration- resistant prostate cancer. Consequently, immunological targeting of PSMA has gained significant attention as a therapeutic platform for the management of the disease. The thesis is focused on engineering of antibody fragments and fusion proteins derived from the high affinity anti-PSMA 5D3 monoclonal antibody that can be used as immune cell engagers to target and eliminate PSMA-positive cells. To this end, we engineered 5D3 single chain variable fragments (scFv) that were subsequently fused to anti-CD3 scFv and CP33 sequences, creating thus immune cell engagers targeting T-cells (BiTE) and monocytes (5D3-CP33), respectively. The engagers were expressed in insect cells, purified to homogeneity and their biophysical and functional characteristics evaluated using size exclusion chromatography, differential scanning fluorimetry, ELISA and flow cytometry. Ensuing cell-based assays revealed that both BiTE and 5D3-CP33 can... (Czech) Rakovina prostaty (PCa) představuje jednu z hlavních příčin mortality související s rakovinou v populaci mužů. Tento stav vyžaduje vývoj nových terapeutických přístupů přesahujících současnou konvenční léčbu s omezenou účinností. Prostatický specifický membránový antigen (PSMA) je jedním z nejpokročilejších biomarkerů pro zobrazování i terapii PCa díky své expresi specificky výrazně zvýšené neoplastických tkáních PCa a v metastatickém kastračně rezistentním karcinomu prostaty. Imunoterapeutické postupy zaměřené na PSMA skýtají v současné době velký potenciál jakožto nová platforma pro účinnou léčbu onemocnění. Předkládaná doktorská práce je zaměřena na inženýrství protilátkových fragmentů a fúzních proteinů odvozených z vysoce afinní monoklonální protilátky 5D3 specificky rozpoznávající PSMA. Cílem vývoje těchto molekul bylo dosažení specifického spojení imunitních buněk s biomarkerem PSMA vyvolávajícího eliminaci buněk prezentujících tento antigen. Za tímto účelem jsme zkonstruovali jednořetězcové variabilní fragmenty (scFv) protilátky 5D3, které byly následně fúzovány se sekvencemi anti-CD3 scFv a CP33, čímž jsme vytvořili fúzní proteiny specificky spojující imunitní buňky s T lymfocyty (BiTE) nebo s monocyty (5D3-CP33). Fúzní molekuly byly produkovány pomocí hmyzího expresního systému,...
Keywords:
rakovina prostaty; prostatický specifický membránový antigen; glutamátkarboxypeptidasa II; imunoterapie; bispecifická protilátka aktivující T lymfocyty; protilátka; jednořetězcové variabilní fragmenty; bispecifická protilátka aktivující monocyty; reaktivní formy kyslíku; fagocytóza; prostate cancer; prostate-specific membrane antigen; glutamate carboxypeptidase II; immunotherapy; T lymphocyte-activating bispecific antibody; antibody; single-chain variable fragments; monocyte-activating bispecific antibody; reactive oxygen species; phagocytosis
Available in a digital repository NRGL
Vývoj protinádorových imunoterapeutických molekul na bázi fragmentů protilátek specifických pro prostatický specifický membránový antigen
Prostate cancer (PCa) remains a leading cause of male cancer-related mortality, necessitating thus the development of novel therapeutic approaches as conventional treatments have limited efficacy. ...
NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web
Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz
Provider
Other bases